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万見
- PDB-5l06: Solution Structure of a DNA Dodecamer with 5-methylcytosine at th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l06
タイトルSolution Structure of a DNA Dodecamer with 5-methylcytosine at the 3rd Position
要素DNA (5'-D(*CP*GP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Drew-Dickerson / non-canonical / modified DNA / methylated DNA / epigenetics / CpG site
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Miears, H.L. / Hoppins, J.J. / Gruber, D.R. / Kasymov, R.D. / Zharkov, D.O. / Smirnov, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1244641 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics and enzymatic demethylation.
著者: Gruber, D.R. / Toner, J.J. / Miears, H.L. / Shernyukov, A.V. / Kiryutin, A.S. / Lomzov, A.A. / Endutkin, A.V. / Grin, I.R. / Petrova, D.V. / Kupryushkin, M.S. / Yurkovskaya, A.V. / Johnson, E. ...著者: Gruber, D.R. / Toner, J.J. / Miears, H.L. / Shernyukov, A.V. / Kiryutin, A.S. / Lomzov, A.A. / Endutkin, A.V. / Grin, I.R. / Petrova, D.V. / Kupryushkin, M.S. / Yurkovskaya, A.V. / Johnson, E.C. / Okon, M. / Bagryanskaya, E.G. / Zharkov, D.O. / Smirnov, S.L.
履歴
登録2016年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3552
ポリマ－7,3552
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2390 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area4420 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 18structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM sodium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM EDTA, 1 mM DNA (5'-D(*CP*GP*(DMC)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'), 100% D2O
Label: 5metC3 / 溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
1 mMDNA (5'-D(*CP*GP*(DMC)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')natural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1120 mM100% D2O6.8ambient 298 K
2120 mMH2O6.8ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView9Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView9Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView9Johnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 18 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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