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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kzj | ||||||
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タイトル | Loop Deletion mutant of Paracoccus denitrificans AztC | ||||||
![]() | Periplasmic solute binding protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Zinc binding protein / periplasm / deletion mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yukl, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanisms of zinc binding to the solute-binding protein AztC and transfer from the metallochaperone AztD. 著者: Neupane, D.P. / Avalos, D. / Fullam, S. / Roychowdhury, H. / Yukl, E.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30873.590 Da / 分子数: 2 / 変異: deleted residues 120-132 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_1597 / プラスミド: pET45 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.31 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: 4.0 - 5.0 M sodium formate, 0.1 M bis-tris propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.09998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 38783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.618 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.312 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4XRV ![]() 4xrv 解像度: 2.2→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 9.134 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.194 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.47 Å
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拘束条件 |
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