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- PDB-5kyu: crystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kyu
タイトルcrystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide2 complex
要素
  • Protein transport protein Sec23A
  • Protein transport protein Sec24D
  • TANGO1 peptide2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII coat / collagen secretion / cargo adapter / vesicle
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / negative regulation of cell adhesion / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion ...vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / negative regulation of cell adhesion / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / endoplasmic reticulum organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of leukocyte migration / COPII-mediated vesicle transport / cargo receptor activity / lipoprotein transport / exocytosis / endoplasmic reticulum exit site / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding / negative regulation of cell migration / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / Post-translational protein phosphorylation / wound healing / ER to Golgi transport vesicle membrane / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein transport / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain ...: / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Variant SH3 domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec24D / Protein transport protein Sec23A / Transport and Golgi organization protein 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.512 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: TANGO1/cTAGE5 receptor as a polyvalent template for assembly of large COPII coats.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: Protein transport protein Sec24D
C: TANGO1 peptide2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,6005
ポリマ－173,4693
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area62220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.428, 140.926, 150.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86249.492 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-765 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec24D / SEC24-related protein D


分子量: 86388.531 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 266-1032 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24D, KIAA0755
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O94855
#3: タンパク質・ペプチド TANGO1 peptide2


分子量: 830.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JRA6*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 5.5 %(w/v) PEG 4000, 100 mM MgSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 27343 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 8.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EFO

3efo


解像度: 3.512→48.548 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 1998 7.31 %
Rwork0.217 --
obs0.2206 27343 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.512→48.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11603 0 2 0 11605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5416180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9147252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5118-3.59960.35171210.34341581X-RAY DIFFRACTION86
3.5996-3.69690.38381370.31291778X-RAY DIFFRACTION97
3.6969-3.80560.35161350.29481739X-RAY DIFFRACTION95
3.8056-3.92840.32071470.25981793X-RAY DIFFRACTION99
3.9284-4.06880.30251410.24791841X-RAY DIFFRACTION99
4.0688-4.23160.25421400.23481802X-RAY DIFFRACTION98
4.2316-4.4240.29161550.21291841X-RAY DIFFRACTION99
4.424-4.65710.25921410.20561819X-RAY DIFFRACTION99
4.6571-4.94860.26661400.19871820X-RAY DIFFRACTION98
4.9486-5.33030.24761390.19661803X-RAY DIFFRACTION97
5.3303-5.86590.29081520.21951863X-RAY DIFFRACTION99
5.8659-6.71280.28951490.24091865X-RAY DIFFRACTION99
6.7128-8.45010.24741430.2131841X-RAY DIFFRACTION97
8.4501-48.55310.21361580.17131959X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.408-0.4381-1.18755.4827-1.71114.92480.377-0.26640.96090.1761-0.05640.8351-0.6364-0.2559-0.3740.9563-0.04120.19520.7808-0.05011.2861-75.620496.7981-7.5817
24.7816-3.64030.19929.2969-0.17111.57790.2598-0.6592-0.19780.9119-0.2016-0.37340.37110.0936-0.00641.1604-0.2228-0.06771.15910.12470.8746-54.025469.0564-1.2557
36.14150.1671-0.11332.9591-0.03724.61720.3977-0.4759-0.73190.4658-0.24240.33380.2986-0.09110.14921.34-0.0843-0.10580.95980.00121.3299-59.363152.8444-2.252
42.6147-3.4698-4.36245.3345.42857.53790.7735-2.43610.69890.20450.3601-0.35010.9790.6606-1.12931.5751-0.236-0.33691.62470.01380.8499-53.965459.10427.6024
55.96050.03770.17542.5045-2.43422.3956-0.13140.2951-0.88110.5133-0.6001-1.27211.21290.80090.90911.50170.13570.17241.39430.36021.7596-43.077250.1959-14.3161
61.6411-0.2465-0.88323.25910.78423.45650.1850.60990.5154-0.402-0.2653-0.08160.0867-0.04410.11410.9929-0.003-0.05781.02660.17720.9433-55.63763.1012-18.2869
79.1475-2.2778-2.89194.451-0.28473.4046-0.0045-1.43310.7013-0.0681-0.05340.4755-0.1510.42440.13561.1901-0.0565-0.23321.1404-0.0431.3497-53.616478.1234-2.5995
82.51440.33190.82093.1051-4.48186.71120.243-0.04520.18730.29340.08080.2359-0.22310.2379-0.35080.9112-0.13730.03570.8618-0.01031.2264-74.162583.5545-18.3045
94.5755-2.8482-0.9577.7581-2.62673.64530.20110.27670.8230.61430.28870.8591-0.9255-0.5515-0.24840.9316-0.0564-0.08511.0018-0.10031.6059-68.792492.3988-17.047
105.8774-1.28290.08112.0715-2.53049.53511.08352.55540.1116-1.4564-0.74440.20910.33120.6198-0.34261.13620.307-0.24271.95810.39621.3104-61.346495.9506-39.6376
114.9676-0.92811.96971.11870.09331.86620.12220.32081.1825-0.4929-0.1889-0.59870.08130.22010.15721.05490.10760.21281.22820.37141.3509-45.344289.0239-25.0802
129.87831.5372-0.17488.44312.69756.06780.48670.43630.52310.48790.5851-1.88940.06850.5106-1.11140.98620.0486-0.08581.23180.31981.7607-28.916588.6966-18.0588
131.75441.6378-0.15441.5258-0.14760.00590.2009-0.051-0.1582-1.7011.12910.50251.761-1.1621-0.83932.0082-0.16990.03222.25370.3671.4112-51.249787.6952-43.6921
141.15770.13280.39186.4132-1.16526.60170.5721.44810.4125-0.53370.43550.2233-2.77060.2064-0.47662.06050.43520.4071.86190.44450.9456-53.816397.7411-43.687
155.5697-0.9839-1.38893.7521-0.48882.65440.19270.3913-0.6815-0.6122-0.4709-0.68180.02520.51560.31041.11890.19560.05981.1010.00280.9692-41.2984-4.6701-14.1294
161.7451-0.23-0.19715.60260.32051.09750.03480.2939-0.13650.0388-0.29090.4376-0.2358-0.02260.26250.86670.0303-0.09720.90920.06990.8637-56.794717.584-4.4513
172.3983-0.55130.53263.21580.57096.57530.1998-0.3491-0.3170.8899-0.10520.61170.4416-0.4824-0.04351.1639-0.08160.14441.06860.10091.3727-65.571-2.232612.9003
186.24661.7029-4.83738.3043-9.08681.9934-0.9872-0.6048-2.9508-3.5115-3.29151.30633.3515-1.54583.09993.307-1.4022-0.28072.549-0.80913.0736-77.4619-16.1523-3.7673
192.31963.2650.83174.61290.99351.7595-0.1097-0.2845-0.14611.4355-1.23222.58250.1462-0.46051.47856.5004-0.7563-1.06811.8861-0.57344.0132-77.2297-22.8372-16.6709
200.7157-0.7652-1.29030.97541.41872.3297-0.14740.2154-0.404-0.38030.4552-0.30660.1396-0.1857-0.18343.0534-1.4188-1.39282.5070.88314.9062-16.0959100.5686-22.1033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:114 )A3 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 115:157 )A115 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 158:209 )A158 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 226:245 )A226 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 246:263 )A246 - 263
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 264:379 )A264 - 379
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 380:407 )A380 - 407
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 408:464 )A408 - 464
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 475:535 )A475 - 535
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 536:571 )A536 - 571
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 572:661 )A572 - 661
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 662:722 )A662 - 722
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 741:748 )A741 - 748
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 749:762 )A749 - 762
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 267:435 )B267 - 435
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 436:820 )B436 - 820
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 821:1010 )B821 - 1010
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 1014:1028 )B1014 - 1028
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 1029:1033 )B1029 - 1033
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 1801:1803 )C1801 - 1803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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