PDB-5ky6: Human muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ky6

タイトル

Human muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase

要素

Fructose-bisphosphate aldolase A

キーワード

LYASE / aldolase / muscle / glycolysis / glyconeogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose binding / sperm head / fructose-bisphosphate aldolase / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase activity / binding of sperm to zona pellucida / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.941 Å

データ登録者

Wisniewski, J. / Barciszewski, J. / Jaskolski, M. / Rakus, D.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human muscle aldolase
著者: Wisniewski, J. / Barciszewski, J. / Jaskolski, M. / Rakus, D.

履歴

登録	2016年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ky6.cif.gz	723 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ky6.ent.gz	615.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ky6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ky6_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ky6_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	5ky6_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	5ky6_validation.cif.gz	70.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/5ky6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/5ky6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2aldS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tle-d 5tlz-d 2quv-d 3tu9-d 7ka3-d 5tkl-1 1epx-d 6rng-1 1qo5-3 2qap-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.1494374 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase A

B: Fructose-bisphosphate aldolase A

C: Fructose-bisphosphate aldolase A

D: Fructose-bisphosphate aldolase A

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.511, 57.253, 164.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase A / Lung cancer antigen NY-LU-1 / Muscle-type aldolase 分子量: 39338.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gaps in the sequence indicate residues that were not modelled because of poor electron density 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: muscle / 遺伝子: ALDOA, ALDA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04075, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Fructose-bisphosphate aldolase A / Lung cancer antigen NY-LU-1 / Muscle-type aldolase

分子量: 39338.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gaps in the sequence indicate residues that were not modelled because of poor electron density
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: muscle / 遺伝子: ALDOA, ALDA / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04075, fructose-bisphosphate aldolase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6M ammonium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→46.72 Å / Num. obs: 112653 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.68 % / R_merge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 10.01
反射シェル	解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 5.34 % / R_merge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ALD

2ald

解像度: 1.941→46.721 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2227	1001	89 %	Random selection
R_work	0.1864	-	-	-
obs	0.1867	112632	99.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.941→46.721 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10080	0	0	562	10642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.971	13959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.468	6273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9411-2.0435	0.3301	135	0.265	15049	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0435-2.1715	0.279	143	0.2145	15953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.3391	0.2569	143	0.2015	15969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3391-2.5745	0.2318	144	0.1893	16038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5745-2.947	0.2495	144	0.1825	16068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.7127	0.1847	145	0.1723	16168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7127-46.735	0.184	147	0.1637	16386	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9837	-0.3516	-0.148	0.7657	0.1297	0.5431	-0.0501	0.0006	-0.0583	0.0134	0.1243	-0.1269	-0.0104	0.3575	-0.0437	0.1192	-0.0144	0.0076	0.2392	-0.0499	0.1478	17.2022	58.0935	22.2558
2	0.3572	0.0714	-0.2378	0.3725	-0.0583	0.6648	-0.0184	0.0734	-0.0009	0.0329	0.119	-0.0459	0.1156	0.4216	0.0316	0.0894	-0.0222	0.0127	0.2629	-0.0419	0.1243	15.3142	54.4862	31.5577
3	0.2606	0.0897	0.0212	0.5087	0.1405	0.382	-0.0321	0.0207	-0.0618	-0.1086	0.0439	-0.0709	0.0824	0.1301	-0.0167	0.1551	-0.0268	0.0035	0.0318	-0.0123	0.1182	-0.1642	50.905	27.7627
4	0.9793	0.006	-0.2621	0.4882	0.038	0.5352	-0.0464	0.1288	-0.1098	-0.0678	0.1439	-0.1583	0.1684	0.2131	-0.0588	0.1771	-0.0136	0.0062	0.1411	-0.0669	0.1274	7.3897	47.9689	12.721
5	0.662	0.3037	-0.3543	0.6328	-0.2929	0.2307	-0.0034	0.0118	0.0343	-0.0642	0.126	0.1317	-0.0939	-0.2278	-0.0692	0.1508	0.0074	0.008	0.2379	0.0863	0.1595	-35.252	57.5151	54.8622
6	0.2568	0.0485	-0.1121	0.0261	-0.0672	0.3017	-0.0055	-0.042	-0.072	-0.0242	0.1338	0.1379	0.1042	-0.4429	0.083	-0.051	-0.0881	0.0359	0.4986	0.184	0.211	-42.2658	49.3413	49.11
7	0.4224	-0.1898	-0.0747	0.5875	-0.1603	0.4688	0.0068	0.0233	-0.0523	-0.0275	0.1064	0.0974	0.1859	-0.2392	-0.0552	0.1567	-0.0243	-0.0305	0.0601	0.0577	0.108	-23.7994	47.3794	48.7698
8	0.4251	0.0839	-0.2982	0.5318	-0.0502	0.4176	-0.0428	-0.0039	-0.1104	0.0505	0.0377	0.0777	0.1792	-0.179	-0.0518	0.1204	-0.0499	-0.0354	0.077	0.0842	0.0816	-27.4508	40.8767	60.6884
9	1.2544	-0.1375	0.0263	0.424	-0.0072	0.4748	0.0573	-0.0676	-0.1993	0.0296	0.0583	-0.0401	0.1138	-0.1568	-0.0227	0.2277	-0.0685	-0.0158	0.1989	0.0948	0.1794	-32.3649	36.4061	65.7063
10	0.4032	-0.221	0.3325	0.7733	-0.4415	0.6314	-0.0091	0.1367	0.0241	0.0041	0.1125	0.1297	0.0663	-0.1643	-0.0266	0.1707	-0.0691	0.0091	0.2789	0.1022	0.196	-26.4324	56.3673	15.3485
11	0.366	0.0307	-0.0811	0.2084	-0.1309	0.6748	0.0939	0.2195	0.1774	0.0227	0.1926	0.1655	-0.178	-0.5277	0.1868	0.0719	-0.0096	-0.0641	0.3216	0.1567	0.1476	-29.5331	64.6152	21.1656
12	0.5399	0.4085	0.1556	0.9245	-0.0043	0.48	0.0439	0.1018	0.161	-0.0747	0.0725	0.115	-0.1491	-0.0985	-0.0527	0.1872	-0.0044	0.033	0.1133	0.0577	0.1569	-17.2092	70.4979	21.4213
13	0.2897	-0.0911	0.0671	0.2575	-0.1753	0.389	0.0672	0.1871	0.1959	-0.0279	0.1537	0.0884	-0.2024	-0.2465	0.1988	0.1802	0.013	0.0141	0.1463	0.2035	0.1142	-17.7828	74.3827	11.08
14	0.6465	0.1103	0.082	0.4626	0.0654	0.6195	-0.0335	-0.1327	0.0415	0.0356	0.1065	-0.1358	0.0581	0.3779	-0.0355	0.1118	0.008	-0.0094	0.2319	-0.0451	0.1379	9.9393	55.1384	68.2577
15	0.4806	0.0415	0.1843	0.4936	-0.2339	0.9942	0.0224	-0.0442	0.055	-0.0377	0.0597	-0.0483	-0.2035	0.2006	0.0053	0.0868	-0.0157	0.0098	0.0996	-0.0142	0.0988	5.2725	61.0854	51.5459
16	0.2218	-0.0984	-0.0519	0.5677	0.1066	0.2946	0.0596	-0.0561	0.0872	0.0377	0.0076	-0.0494	-0.1339	0.1214	-0.0175	0.1512	0.0009	0.0115	0.048	-0.0037	0.1336	-6.191	62.6448	54.9938
17	0.6548	0.0221	0.3232	0.5626	0.0136	0.7807	0.0325	-0.125	0.117	0.06	0.1017	-0.0865	-0.1837	0.1309	-0.0428	0.1561	-0.0097	0.0178	0.0967	-0.0463	0.1204	-5.3487	65.6456	71.9794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 159 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 244 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 245 through 343 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 52 through 159 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 160 through 244 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 245 through 319 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 320 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 52 through 218 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 219 through 244 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 245 through 363 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1 through 107 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 108 through 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 160 through 244 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 245 through 343 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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