[日本語] English
万見
- PDB-5kx4: Structure of SALO -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kx4
タイトルStructure of SALO
要素10.7 kDa salivary protein
キーワードodorant-binding protein / Insect protein
機能・相同性Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / 10.7 kDa salivary protein
機能・相同性情報
生物種Lutzomyia longipalpis (昆虫)
手法X線回折 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Asojo, O.A.
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2017
タイトル: Structure of SALO, a leishmaniasis vaccine candidate from the sand fly Lutzomyia longipalpis.
著者: Asojo, O.A. / Kelleher, A. / Liu, Z. / Pollet, J. / Hudspeth, E.M. / Rezende, W.C. / Groen, M.J. / Seid, C.A. / Abdeladhim, M. / Townsend, S. / de Castro, W. / Mendes-Sousa, A. / Bartholomeu, ...著者: Asojo, O.A. / Kelleher, A. / Liu, Z. / Pollet, J. / Hudspeth, E.M. / Rezende, W.C. / Groen, M.J. / Seid, C.A. / Abdeladhim, M. / Townsend, S. / de Castro, W. / Mendes-Sousa, A. / Bartholomeu, D.C. / Fujiwara, R.T. / Bottazzi, M.E. / Hotez, P.J. / Zhan, B. / Oliveira, F. / Kamhawi, S. / Valenzuela, J.G.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年7月27日ID: 4LU2
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 10.7 kDa salivary protein
B: 10.7 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8482
ポリマ－23,8482
非ポリマー00
水32418
1
A: 10.7 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9241
ポリマ－11,9241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 10.7 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9241
ポリマ－11,9241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.280, 65.280, 39.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

-
要素

#1: タンパク質 10.7 kDa salivary protein


分子量: 11924.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lutzomyia longipalpis (昆虫) / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q5WPZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.02M calcium chloride, 30% v/v MPD and 0.1 M sodium acetate pH 4.6.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→46.7 Å / Num. obs: 12748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 23.44
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2405: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXEモデル構築
精密化解像度: 1.94→23.438 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 684 5.51 %
Rwork0.1652 --
obs0.1665 12404 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→23.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 0 18 1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0742143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.591989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-2.08971422327X-RAY DIFFRACTION100
2.0897-2.29980.17431470.13922301X-RAY DIFFRACTION100
2.2998-2.63220.25721450.17992337X-RAY DIFFRACTION100
2.6322-3.31490.20961140.19072369X-RAY DIFFRACTION100
3.3149-23.4380.16661360.15652386X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る