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- PDB-5kww: Crystal Structure of Inhibitor JNJ-53718678 In Complex with Prefu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kww
タイトルCrystal Structure of Inhibitor JNJ-53718678 In Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein
要素Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Class I viral fusion protein / respiratory syncytial virus / viral protein / fusion inhibitor / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6YA / Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Battles, M.B. / Arnoult, E. / Roymans, D. / Langedijk, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Therapeutic efficacy of a respiratory syncytial virus fusion inhibitor.
著者: Roymans, D. / Alnajjar, S.S. / Battles, M.B. / Sitthicharoenchai, P. / Furmanova-Hollenstein, P. / Rigaux, P. / Berg, J.V.D. / Kwanten, L. / Ginderen, M.V. / Verheyen, N. / Vranckx, L. / ...著者: Roymans, D. / Alnajjar, S.S. / Battles, M.B. / Sitthicharoenchai, P. / Furmanova-Hollenstein, P. / Rigaux, P. / Berg, J.V.D. / Kwanten, L. / Ginderen, M.V. / Verheyen, N. / Vranckx, L. / Jaensch, S. / Arnoult, E. / Voorzaat, R. / Gallup, J.M. / Larios-Mora, A. / Crabbe, M. / Huntjens, D. / Raboisson, P. / Langedijk, J.P. / Ackermann, M.R. / McLellan, J.S. / Vendeville, S. / Koul, A.
履歴
登録2016年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,10814
ポリマ－63,2181
非ポリマー1,89013
水2,414134
1
F: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,32542
ポリマ－189,6553
非ポリマー5,67039
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area20560 Å2
ΔGint-459 kcal/mol
Surface area50200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.990, 169.990, 169.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-731-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 F

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1
断片: F0 (UNP residues 1-513) + Envelope glycoprotein (UNP residues 1-28)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: W8RJF9, UniProt: M1E1E4, UniProt: P03420*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 146分子

#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-6YA / 3-[[5-chloranyl-1-(3-methylsulfonylpropyl)indol-2-yl]methyl]-1-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]imidazo[4,5-c]pyridin-2-one


分子量: 500.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20ClF3N4O3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.54 M potassium/sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES, pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月17日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen-cooled dual crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→56.66 Å / Num. obs: 29656 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.6220.82.1260.621100
8.29-56.6620.60.0321199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5EA4

5ea4


解像度: 2.5→53.756 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1478 4.99 %
Rwork0.2102 28127 -
obs0.2116 29605 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.39 Å2 / Biso mean: 58.9745 Å2 / Biso min: 23.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→53.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3318 0 110 134 3562
Biso mean--113.87 47.98 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8334711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3551255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5004-2.58110.33171340.286424992633
2.5811-2.67330.30591250.263425072632
2.6733-2.78040.3111340.253124862620
2.7804-2.90690.29091590.244724922651
2.9069-3.06020.24421430.226525162659
3.0602-3.25190.26791180.209825382656
3.2519-3.50290.23351350.208425282663
3.5029-3.85530.21861280.188125712699
3.8553-4.4130.21351170.186725872704
4.413-5.5590.19421460.187726102756
5.559-53.7680.24871390.221427932932
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0277-0.7639-0.82234.66081.39941.5352-0.1011-0.3154-0.17740.46060.18470.40010.1226-0.2345-0.08650.27710.0322-0.03420.49750.11040.23962.95296.015232.5448
25.42261.98154.8254.17344.72598.8118-0.10710.8392-0.4312-0.50490.2290.15830.23770.0096-0.22670.62940.0401-0.04440.5835-0.04360.63545.115-17.7743-10.0864
31.9518-0.08050.63041.81191.31784.08530.13480.1521-0.8272-0.1208-0.22630.2041.0842-0.4122-0.00370.6431-0.0728-0.02910.3328-0.01020.67856.3867-16.95096.0972
42.26321.3587-0.02166.48392.31682.74610.0605-0.1345-0.0583-0.2613-0.05350.3627-0.1893-0.1464-0.0250.23680.0616-0.01830.35190.07790.19338.6210.665728.8986
53.7-0.86990.01133.05780.15931.50880.0401-0.43270.23040.1911-0.0421-0.0372-0.0874-0.11180.00630.31560.04950.04120.3461-0.02380.16355.217622.043133.1602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 27 through 52 )F27 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 53 through 98 )F53 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 137 through 312 )F137 - 312
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 313 through 376 )F313 - 376
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 377 through 506 )F377 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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