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- PDB-5kwv: Crystal Structure of a Pantoate-beta-alanine Ligase from Neisseri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kwv
タイトルCrystal Structure of a Pantoate-beta-alanine Ligase from Neisseria gonorrhoeae with bound AMPPNP
要素Pantothenate synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / Neisseria gonorrhoeae / pantoate-beta-alanine_ligase / AMPPNP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Pantothenate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Pantoate-beta-alanine Ligase from Neisseria gonorrhoeae with bound AMPPNP
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate synthetase
B: Pantothenate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1074
ポリマ－64,0952
非ポリマー1,0122
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.650, 137.650, 73.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...
21(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISMETMET(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...AA0 - 18 - 9
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...AA210
13HISHISANPANP(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...AA - C0 - 3008
14HISHISANPANP(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...AA - C0 - 3008
15HISHISANPANP(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...AA - C0 - 3008
16HISHISANPANP(chain A and (resid 0:1 or (resid 2 and (name...AA - C0 - 3008
21HISHISGLYGLY(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB0 - 598 - 67
22ARGARGSERSER(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB69 - 18377 - 191
23ARGARGARGARG(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB184192
24HISHISANPANP(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB - D0 - 3008
25HISHISANPANP(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB - D0 - 3008
26HISHISANPANP(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB - D0 - 3008
27HISHISANPANP(chain B and (resid 0:59 or resid 69:183 or (resid...BB - D0 - 3008

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要素

#1: タンパク質 Pantothenate synthetase / PS / Pantoate--beta-alanine ligase / Pantoate-activating enzyme


分子量: 32047.469 Da / 分子数: 2 / 断片: NegoA.00097.a.B1 / 変異: A194G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: NCCP11945 / 遺伝子: panC, NGK_0607 / プラスミド: NegoA.00097.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B4RKE7, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NegoA.00097.a.B1.PS37929 at 20.8 mg/ml, incubated with 3 mM MgCl2, 3 mM AMPPNP, protein mixed 1:1 and incubated with an equal volume Morpheus(f12): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5 % (w/v) PEG- ...詳細: NegoA.00097.a.B1.PS37929 at 20.8 mg/ml, incubated with 3 mM MgCl2, 3 mM AMPPNP, protein mixed 1:1 and incubated with an equal volume Morpheus(f12): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5 % (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M bicine/Trizma base, pH = 8.5, 0.02 M each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 33816 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 44.16 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.33
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.310.4774.10.9321100
2.31-2.370.3765.080.9621100
2.37-2.440.2826.530.9791100
2.44-2.520.2527.410.981100
2.52-2.60.2168.640.9841100
2.6-2.690.16910.60.9911100
2.69-2.790.14812.130.9921100
2.79-2.90.1314.170.9941100
2.9-3.030.11316.420.9941100
3.03-3.180.09818.770.9951100
3.18-3.350.08921.330.996199.9
3.35-3.560.08223.050.996199.9
3.56-3.80.07924.450.9961100
3.8-4.110.07925.710.9961100
4.11-4.50.07526.20.996199.9
4.5-5.030.07326.70.9961100
5.03-5.810.07426.160.997199.9
5.81-7.120.07426.380.995199.7
7.12-10.060.07626.480.9961100
10.060.07424.490.996193.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UK2

3uk2


解像度: 2.25→43.529 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 2034 6.02 %
Rwork0.183 --
obs0.1853 33807 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.06 Å2 / Biso mean: 57.9523 Å2 / Biso min: 25.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→43.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4064 0 62 157 4283
Biso mean--92.33 50.7 -
残基数----540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9075726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.222495
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2347X-RAY DIFFRACTION11.167TORSIONAL
12B2347X-RAY DIFFRACTION11.167TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2499-2.30230.29551320.215420682200100
2.3023-2.35990.28841210.216421112232100
2.3599-2.42370.27461390.195520692208100
2.4237-2.4950.23231290.185620892218100
2.495-2.57550.23931260.187720822208100
2.5755-2.66750.25691280.196421202248100
2.6675-2.77430.26211370.206220912228100
2.7743-2.90060.26231400.2120982238100
2.9006-3.05340.30971270.206121212248100
3.0534-3.24470.2281130.20821282241100
3.2447-3.49510.20751610.194820842245100
3.4951-3.84660.22151330.173221472280100
3.8466-4.40280.20211350.163821392274100
4.4028-5.54530.17381410.16321762317100
5.5453-43.53690.19821720.1742250242299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8290.49970.42263.8671-0.03154.43040.1845-0.1279-0.52650.1257-0.0088-0.16670.92080.0194-0.15620.64410.07570.03520.28770.12140.430341.701169.686733.9561
22.12060.38680.6451.84070.33293.3182-0.0556-0.13110.03020.28920.0341-0.03720.02030.02440.03160.3530.02110.00630.30730.06060.311240.127586.191731.2187
32.20820.64720.2224.6296-0.54785.13830.0194-0.1074-0.20790.1695-0.1306-0.40150.05730.72210.09890.32820.0096-0.04770.60740.10370.349459.093293.232141.5634
46.13771.968-0.47863.2460.26742.8961-0.0185-0.380.21130.22310.51081.1619-0.0574-1.0704-0.16630.3716-0.04110.13860.81730.18250.80412.068986.691630.3985
52.4798-0.27590.20732.165-0.7171.9765-0.007-0.0007-0.04260.10210.26980.5250.0653-0.8258-0.04130.2592-0.0250.0540.5750.13020.41221.325989.595724.3243
66.2951-3.2864-2.03983.61780.59381.82130.01870.6082-0.2688-0.2828-0.00710.27120.0592-0.85650.00030.3450.0075-0.03570.8630.05040.374513.755594.41882.3036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 94 )A0 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 170 )A95 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 278 )A171 - 278
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 70 )B0 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 71 through 170 )B71 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 276 )B171 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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