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- PDB-5kws: Crystal Structure of Galactose Binding Protein from Yersinia pest... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kws
タイトルCrystal Structure of Galactose Binding Protein from Yersinia pestis in the Complex with beta D Glucose
要素Galactose-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / solute-binding protein fold (SBP) / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-galactose-binding periplasmic protein MglB-like, PBP domain / : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / beta-D-glucopyranose / D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.316 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Galactose Binding Protein from Yersinia pestis in the Complex with beta D Glucose
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5978
ポリマ－34,0481
非ポリマー5507
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.236, 56.753, 69.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-754-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Galactose-binding protein / Periplasmic D-galactose-binding ABC transport protein


分子量: 34047.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: mglB, y2662, YP_1397 / プラスミド: pMCSG53 / 詳細 (発現宿主): cleavable N-terminal 6 Histidine tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8D072
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 313分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.085M Tris:HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.316→50 Å / Num. obs: 86602 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 18.81 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.741 / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2411: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 3GAS

3gas


解像度: 1.316→36.252 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1603 4349 5.03 %random
Rwork0.144 ---
obs0.1448 86540 97.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.316→36.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2350 0 34 307 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9783487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3159-1.33080.29561050.24521953X-RAY DIFFRACTION71
1.3308-1.34650.25771230.23232388X-RAY DIFFRACTION86
1.3465-1.36290.26411570.22222527X-RAY DIFFRACTION93
1.3629-1.38020.25291510.20992691X-RAY DIFFRACTION96
1.3802-1.39830.26181540.20072677X-RAY DIFFRACTION98
1.3983-1.41750.22631420.1892751X-RAY DIFFRACTION99
1.4175-1.43770.21931330.17512758X-RAY DIFFRACTION99
1.4377-1.45920.21391430.16252786X-RAY DIFFRACTION100
1.4592-1.4820.22031400.14512738X-RAY DIFFRACTION99
1.482-1.50630.161460.13472782X-RAY DIFFRACTION100
1.5063-1.53230.16041500.1252775X-RAY DIFFRACTION100
1.5323-1.56010.14391510.1232739X-RAY DIFFRACTION100
1.5601-1.59010.17351370.11312778X-RAY DIFFRACTION99
1.5901-1.62260.1391340.11442817X-RAY DIFFRACTION100
1.6226-1.65790.14631430.11632759X-RAY DIFFRACTION100
1.6579-1.69640.1761480.1162757X-RAY DIFFRACTION100
1.6964-1.73890.13881270.11442784X-RAY DIFFRACTION99
1.7389-1.78590.15121590.11992774X-RAY DIFFRACTION100
1.7859-1.83840.1771440.12022799X-RAY DIFFRACTION100
1.8384-1.89780.13851260.1212818X-RAY DIFFRACTION100
1.8978-1.96560.15341620.122787X-RAY DIFFRACTION100
1.9656-2.04430.14541700.12492767X-RAY DIFFRACTION100
2.0443-2.13730.15291270.13032803X-RAY DIFFRACTION100
2.1373-2.250.1691570.1292787X-RAY DIFFRACTION99
2.25-2.39090.15131500.13832816X-RAY DIFFRACTION100
2.3909-2.57550.16061410.14822826X-RAY DIFFRACTION100
2.5755-2.83460.17541590.16022828X-RAY DIFFRACTION100
2.8346-3.24450.19331440.16462849X-RAY DIFFRACTION99
3.2445-4.08680.14371570.14972898X-RAY DIFFRACTION100
4.0868-36.26610.13591690.14912979X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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