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- PDB-5kwe: Thermostable mutant of halohydrin dehalogenase HheC - C153N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kwe
タイトルThermostable mutant of halohydrin dehalogenase HheC - C153N
要素Halohydrin dehalogenase
キーワードLYASE / thermostable mutant / engineered mutant / C153N mutant
機能・相同性: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Halohydrin dehalogenase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.684 Å
データ登録者Dal Lago, M. / Terwisschavvan Scheltinga, A.C.
引用ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2017
タイトル: A robust cosolvent-compatible halohydrin dehalogenase by computational library design.
著者: Arabnejad, H. / Dal Lago, M. / Jekel, P.A. / Floor, R.J. / Thunnissen, A.W.H. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Wijma, H.J. / Janssen, D.B.
履歴
登録2016年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
C: Halohydrin dehalogenase
D: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,63213
ポリマ－119,3634
非ポリマー2699
水21,5461196
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18420 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.744, 70.126, 118.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Halohydrin dehalogenase


分子量: 29840.635 Da / 分子数: 4 / 変異: C153N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: hheC / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93D82
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350 20% (w/v), 0.1 M Bis tris propane pH 6.5, 0.2 M NaF
Temp details: temperature controlled room

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→54.19 Å / Num. obs: 115837 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 40.1 / Num. measured all: 447511
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / CC1/2: 0.989 / % possible all: 79.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.7 Å54.19 Å
Translation6.7 Å54.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSJanuary 10, 2014データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zmt

1zmt


解像度: 1.684→48.777 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1657 5798 5.01 %
Rwork0.1382 --
obs0.1395 115758 92.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.4 Å2 / Biso mean: 13.9881 Å2 / Biso min: 4.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.684→48.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7918 0 9 1196 9123
Biso mean--17.81 22.59 -
残基数----1019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84911451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.75000
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.684-1.70320.23891550.19342943309875
1.7032-1.72320.21362070.14013479368689
1.7232-1.74420.15791830.13353525370889
1.7442-1.76630.17931870.13583490367789
1.7663-1.78950.19111770.14033585376290
1.7895-1.81410.18481880.13893570375890
1.8141-1.840.19691700.13973568373891
1.84-1.86740.17661680.14313532370090
1.8674-1.89660.20981690.14293656382591
1.8966-1.92770.1761950.1433592378791
1.9277-1.9610.19472030.14893622382591
1.961-1.99660.19822160.15143586380292
1.9966-2.0350.18791850.14713602378792
2.035-2.07660.19032050.1373663386892
2.0766-2.12170.17231810.13173663384493
2.1217-2.17110.15821940.13653647384193
2.1711-2.22540.1622040.13383697390193
2.2254-2.28550.16952080.13633687389594
2.2855-2.35280.16221900.13733721391194
2.3528-2.42870.15732080.13273679388794
2.4287-2.51550.16922150.14023794400995
2.5155-2.61620.15682050.14023714391995
2.6162-2.73530.1611860.14463788397495
2.7353-2.87950.17261950.14983814400996
2.8795-3.05990.16641960.14633852404896
3.0599-3.29610.17651780.15253841401996
3.2961-3.62770.16361930.14093884407797
3.6277-4.15240.14111960.12183886408298
4.1524-5.23060.1192170.11153939415698
5.2306-48.79730.14732240.13733941416596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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