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- PDB-5kwa: complete structure of the Mycobacterium tuberculosis proteasomal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kwa
タイトルcomplete structure of the Mycobacterium tuberculosis proteasomal ATPase Mpa
要素Proteasome-associated ATPase
キーワードHYDROLASE / Proteasomal ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like protein reader activity / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / proteasome-activating nucleotidase complex / symbiont-mediated perturbation of host defenses / response to nitrosative stress / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / cellular response to nitric oxide / proteasomal protein catabolic process ...ubiquitin-like protein reader activity / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / proteasome-activating nucleotidase complex / symbiont-mediated perturbation of host defenses / response to nitrosative stress / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / cellular response to nitric oxide / proteasomal protein catabolic process / proteasome complex / peptidoglycan-based cell wall / modification-dependent protein catabolic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proteasome ATPase / Proteasomal ATPase, N-terminal OB domain / Proteasomal ATPase OB N-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / : / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...Proteasome ATPase / Proteasomal ATPase, N-terminal OB domain / Proteasomal ATPase OB N-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / : / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / AAA ATPase forming ring-shaped complexes / Proteasome-associated ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, T. / WU, Y.J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2013CB911500 中国
National Natural Science Foundation of China31300600 中国
shenzhen science and technology innovationJCYJ20160331115853521 中国
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Mycobacterium tuberculosis proteasomal ATPase Mpa has a beta-grasp domain that hinders docking with the proteasome core protease
著者: Wu, Y. / Hu, K. / Li, D. / Bai, L. / Yang, S. / Jastrab, J.B. / Xiao, S. / Hu, Y. / Zhang, S. / Darwin, K.H. / Wang, T. / Li, H.
履歴
登録2016年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome-associated ATPase
B: Proteasome-associated ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8696
ポリマ－109,9662
非ポリマー9034
水37821
1
A: Proteasome-associated ATPase
B: Proteasome-associated ATPase
ヘテロ分子

A: Proteasome-associated ATPase
B: Proteasome-associated ATPase
ヘテロ分子

A: Proteasome-associated ATPase
B: Proteasome-associated ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,60718
ポリマ－329,8986
非ポリマー2,70912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area35100 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area110390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.931, 111.931, 196.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Proteasome-associated ATPase / AAA ATPase forming ring-shaped complexes / Mycobacterial proteasome ATPase


分子量: 54983.051 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complete proteasomal ATPase binds with ATPrS
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mpa, ERS007663_01871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T9XQP1, UniProt: P9WQN5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 % / 解説: hexagonal plate
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 100mM Tris-HCl, 20%PEG400, 200mM MgCl2, 5mM ATPrS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月5日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.45 Å / Num. obs: 32237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 56.52 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / CC1/2: 0.506 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M9B, 3WHK

3m9b

3whk


解像度: 2.9→43.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 20.441 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.285 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26883 1543 4.8 %RANDOM
Rwork0.22786 ---
obs0.22974 30678 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å2-0.75 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3---4.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7102 0 56 21 7179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9929838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.926316282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0445896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03224.226336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.497151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2041560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3056.1173620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3036.1153619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9929.1564504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9929.1584505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1926.3253658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1896.3253658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8769.3925335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.55170.6427629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.55170.6367630
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 126 -
Rwork0.369 2221 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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