[日本語] English
万見
- PDB-5kvc: Thermostable mutant of halohydrin dehalogenase (HheC) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvc
タイトルThermostable mutant of halohydrin dehalogenase (HheC)
要素Halohydrin dehalogenase
キーワードLYASE / thermostable mutant / engineered mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Halohydrin dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Dal Lago, M. / Terwisscha van Scheltinga, A.C.
引用ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2017
タイトル: A robust cosolvent-compatible halohydrin dehalogenase by computational library design.
著者: Arabnejad, H. / Dal Lago, M. / Jekel, P.A. / Floor, R.J. / Thunnissen, A.W.H. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Wijma, H.J. / Janssen, D.B.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_unique_obs
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,18017
ポリマ－56,4462
非ポリマー73415
水7,692427
1
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子

A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,36034
ポリマ－112,8934
非ポリマー1,46830
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area22470 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area33870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.839, 81.839, 155.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Halohydrin dehalogenase


分子量: 28223.201 Da / 分子数: 2
変異: A29K, D39K, E64R, S68R, Q87R, A93T, C153N, A158V, E190T, E197K, V199I, V236I
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: hheC / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93D82

-
非ポリマー , 5種, 442分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% Ethylene glycol, 0.1 M MIB pH 8.5, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.86 Å / Num. obs: 96314 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 363219
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.533.80.577177630.732198.6
8.22-41.863.60.03123930.997196.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.28 Å41.86 Å
Translation5.28 Å41.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZMT

1zmt


解像度: 1.501→41.858 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 4787 4.97 %Random Selection
Rwork0.1708 ---
obs0.1721 96242 99.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.61 Å2 / Biso mean: 22.3272 Å2 / Biso min: 9.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.501→41.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 41 427 4442
Biso mean--26.2 29.22 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0925876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6552579
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5006-1.51760.29181420.25163028317098
1.5176-1.53550.26051690.233929923161100
1.5355-1.55420.23911470.230830553202100
1.5542-1.57390.26771420.230130733215100
1.5739-1.59460.27081800.22912990317099
1.5946-1.61640.28091670.23092959312698
1.6164-1.63950.28411330.223130583191100
1.6395-1.6640.23581340.205530573191100
1.664-1.690.25771260.206630973223100
1.69-1.71770.24351850.206829813166100
1.7177-1.74730.20051180.195430983216100
1.7473-1.77910.25411900.199830193209100
1.7791-1.81330.22931530.194530313184100
1.8133-1.85030.2621560.187430523208100
1.8503-1.89060.25591830.18623024320799
1.8906-1.93450.18651500.18912974312498
1.9345-1.98290.22961670.18653029319699
1.9829-2.03650.2051240.18230913215100
2.0365-2.09640.19161690.16813050321999
2.0964-2.16410.17772130.168429873200100
2.1641-2.24150.18661870.169130203207100
2.2415-2.33120.22291350.16483096323199
2.3312-2.43730.20241610.15963025318698
2.4373-2.56580.18191740.16793020319498
2.5658-2.72650.16381720.168330793251100
2.7265-2.93690.20131470.1793098324599
2.9369-3.23240.21521470.1723100324799
3.2324-3.69990.20381970.1632992318997
3.6999-4.66050.14891420.13413138328099
4.6605-41.87380.14241770.14713242341997

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る