[日本語] English
万見
- PDB-5kvb: The crystal structure of hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvb
タイトルThe crystal structure of hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA-type3 from Novosphingobium barchaimii LL02
要素Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase
キーワードLYASE / dehydrochlorinase
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase
機能・相同性情報
生物種Novosphingobium barchaimii LL02 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dellas, N. / Oakeshott, J. / Pearce, S.L. / Pandey, G. / Pushiri, H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The crystal structure of hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA-type3 from Novosphingobium barchaimii LL02
著者: Dellas, N. / Oakeshott, J. / Pearce, S.L. / Pandey, G. / Pushiri, H.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7211
ポリマ－17,7211
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase

A: Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase

A: Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1633
ポリマ－53,1633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.169, 50.169, 147.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-319-

HOH

21A-330-

HOH

31A-333-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase


分子量: 17720.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DSMZ 25411
由来: (組換発現) Novosphingobium barchaimii LL02 (バクテリア)
遺伝子: V474_07160 / プラスミド: pDEST14 / 詳細 (発現宿主): gateway / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J7XEF9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.05
詳細: 20.5% PEG 1000, 10% propionate-cacodylate-bis tris propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月7日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→41.688 Å / Num. all: 24639 / Num. obs: 24639 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 10.68 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.052 / Net I/av σ(I): 9.804 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 140021
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.535.60.3352.32013636000.1560.3355100
1.53-1.625.60.2273.41925534250.1050.2277.1100
1.62-1.735.70.15451814732040.0710.1549.9100
1.73-1.875.70.1017.61668529380.0460.10114.1100
1.87-2.055.70.06311.71571227570.0290.06320.7100
2.05-2.295.70.05213.11421624890.0240.05227.3100
2.29-2.655.70.05411.71242621660.0250.05430.8100
2.65-3.245.70.03517.41045518380.0160.03537.8100
3.24-4.595.80.02423.5839514420.0110.02447.5100
4.59-41.6885.90.02913.545947800.0130.02947.199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.9-1962精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A76

3a76


解像度: 1.45→37.465 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2004 1228 4.98 %0
Rwork0.1639 23409 --
obs0.1657 24637 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.36 Å2 / Biso mean: 13.211 Å2 / Biso min: 3.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→37.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 0 133 1296
Biso mean---19.76 -
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0531695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.298443
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.50810.24811370.19992603X-RAY DIFFRACTION100
1.5081-1.57670.20571360.17922607X-RAY DIFFRACTION100
1.5767-1.65980.20641370.17312572X-RAY DIFFRACTION100
1.6598-1.76380.19191510.16952583X-RAY DIFFRACTION100
1.7638-1.90.21531400.16962621X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.09120.19991370.16332579X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.39380.21161370.17112627X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-3.01570.19811270.17612609X-RAY DIFFRACTION100
3.0157-3.747750.18231260.14062608X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る