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- PDB-5kv8: Crystal structure of a hPIV haemagglutinin-neuraminidase-inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kv8
タイトルCrystal structure of a hPIV haemagglutinin-neuraminidase-inhibitor complex
要素Hemagglutinin-neuraminidase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / haemagglutinin-neuraminidase / hydrolase / viral protein / host cell surface receptor binding / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Y6 / beta-D-mannopyranose / CITRIC ACID / alpha-D-mannopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Dirr, L. / El-Deeb, I.M. / Chavas, L.M.G. / Guillon, P. / von Itzstein, M.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP1094549 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)ID1047824 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)ID1071659 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The impact of the butterfly effect on human parainfluenza virus haemagglutinin-neuraminidase inhibitor design.
著者: Dirr, L. / El-Deeb, I.M. / Chavas, L.M.G. / Guillon, P. / Itzstein, M.V.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年4月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Hemagglutinin-neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,79326
ポリマ－97,8212
非ポリマー3,97224
水11,620645
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.570, 98.612, 103.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 48910.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf9 cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G8G134, exo-alpha-sialidase

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糖 , 4種, 13分子

#2: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-6Y6 / 2,6-anhydro-3,4,5-trideoxy-4-[4-(methoxymethyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-5-[(2-methylpropanoyl)amino]-D-glycero-D-galacto -non-2-enonic acid / (2~{R},3~{R},4~{S})-4-[4-(methoxymethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3-(2-methylpropanoylamino)-2-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxi danyl)propyl]-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-6-carboxylic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 414.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C17H26N4O8
#9: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 656分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M citrate buffer, 0.2 M ammonium sulphate, 20% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→45.784 Å / Num. obs: 61585 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.95-25.60.793199.1
8.93-45.7846.30.025199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.59 Å45.78 Å
Translation7.59 Å45.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XJQ

4xjq


解像度: 1.949→45.784 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1995 6008 5.11 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.163 61585 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.21 Å2 / Biso mean: 27.14 Å2 / Biso min: 12.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.949→45.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6692 0 253 647 7592
Biso mean--45.22 33.51 -
残基数----854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2239690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7662624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9488-1.9710.30351750.26353699387498
1.971-1.99420.28212360.24537153951100
1.9942-2.01850.27032170.219736253842100
2.0185-2.04410.25732210.216137423963100
2.0441-2.0710.28672140.214536843898100
2.071-2.09930.23851990.237813980100
2.0993-2.12930.24432090.194436703879100
2.1293-2.16110.24911690.195537983967100
2.1611-2.19490.25191890.189437513940100
2.1949-2.23080.24211580.183337013859100
2.2308-2.26930.21432000.184137533953100
2.2693-2.31060.2582040.181437103914100
2.3106-2.3550.25711850.180137243909100
2.355-2.40310.24911930.175637223915100
2.4031-2.45530.20162020.172737323934100
2.4553-2.51240.23862200.164536883908100
2.5124-2.57530.1712210.159536953916100
2.5753-2.64490.19572080.160537443952100
2.6449-2.72270.20772110.155537183929100
2.7227-2.81060.19322070.153737013908100
2.8106-2.9110.18591940.148137073901100
2.911-3.02760.20441940.15537043898100
3.0276-3.16530.19262040.146937633967100
3.1653-3.33210.19551830.147137083891100
3.3321-3.54080.172200.140737123932100
3.5408-3.81410.17572140.139137093923100
3.8141-4.19770.14721630.135837543917100
4.1977-4.80450.15052240.124236923916100
4.8045-6.0510.17681810.144637483929100
6.051-45.79640.19241930.176637173910100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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