PDB-5kuc: Crystal structure of trypsin activated Cry6Aa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kuc

タイトル

Crystal structure of trypsin activated Cry6Aa

要素

Pesticidal crystal protein Cry6Aa

キーワード

TOXIN / pesticidal / pore formation

機能・相同性

sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / Pesticidal crystal protein Cry6Aa

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kelker, M.S. / Xu, X. / Lee, M. / Chan, M. / Hung, S. / Dementiev, K. / Hey, T. / Chikwana, V.M. / Narva, K.E.

引用

ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2016
タイトル: The pesticidal Cry6Aa toxin from Bacillus thuringiensis is structurally similar to HlyE-family alpha pore-forming toxins.
著者: Dementiev, A. / Board, J. / Sitaram, A. / Hey, T. / Kelker, M.S. / Xu, X. / Hu, Y. / Vidal-Quist, C. / Chikwana, V. / Griffin, S. / McCaskill, D. / Wang, N.X. / Hung, S.C. / Chan, M.K. / Lee, ...

履歴

登録	2016年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年8月3日	ID: 5J65
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kuc.cif.gz	104.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kuc.ent.gz	77.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kuc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kuc_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kuc_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	5kuc_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	5kuc_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5kuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5kuc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kudC 2nrjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kud-d 6tao-1 6ixp-2 3zix-1 5aq7-1 4lr4-1 5aq7-2 5aqa-2 1wnl-d 2dxt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pesticidal crystal protein Cry6Aa

54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.967, 112.967, 76.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Pesticidal crystal protein Cry6Aa / Crystaline entomocidal protoxin / Crystal protein / Insecticidal delta-endotoxin CryVIA(a) 分子量: 54131.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: cry6Aa, cryVIa, cryVIA(a) / 発現宿主: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: Q45757
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pesticidal crystal protein Cry6Aa / Crystaline entomocidal protoxin / Crystal protein / Insecticidal delta-endotoxin CryVIA(a)

分子量: 54131.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: cry6Aa, cryVIa, cryVIA(a) / 発現宿主:

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: Q45757

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Cry6Aa protein crystals were grown at 291 K from sitting drops containing the protein sample and reservoir solution (20% (w/v) PEG 1000, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid pH 4.2; 0.2 M lithium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12675 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月19日 / 詳細: Diamonds Laue with Beryllium lenses
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12675 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 37186 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 33.41
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.229

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NRJ

2nrj

解像度: 2→30.01 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	1870	5.03 %
R_work	0.1877	-	-
obs	-	37151	98.8 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3183	0	0	422	3605

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関連情報:EMDBヘッダ

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