[日本語] English
万見
- PDB-5ktj: Crystal structure of Pistol, a class of self-cleaving ribozyme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ktj
タイトルCrystal structure of Pistol, a class of self-cleaving ribozyme
要素
  • Pistol (50-MER)
  • RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
キーワードRNA / ribozyme / self-cleavage / internal transesterification
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / SAMARIUM (III) ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Nguyen, L.A. / Wang, J. / Steitz, T.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5F32AI114095-02 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Pistol, a class of self-cleaving ribozyme.
著者: Nguyen, L.A. / Wang, J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年2月15日Group: Database references
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pistol (50-MER)
B: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
C: Pistol (50-MER)
D: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,67943
ポリマ－42,1034
非ポリマー3,57739
水1,45981
1
A: Pistol (50-MER)
B: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,98922
ポリマ－21,0512
非ポリマー1,93720
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
2
C: Pistol (50-MER)
D: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,69121
ポリマ－21,0512
非ポリマー1,63919
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.190, 85.190, 256.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

SM

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#1: RNA鎖 Pistol (50-MER)


分子量: 16385.656 Da / 分子数: 2 / 変異: dG10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: metagenome (メタゲノム)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*AP*A)-3')


分子量: 4665.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: metagenome (メタゲノム)

-
非ポリマー , 4種, 120分子

#3: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% MPD, 0.02 M magnesium chloride, 0.02 M cobalt hexammine, 0.04 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.8445, 1.0163,1.8450
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.84451
21.01631
31.8451
反射解像度: 2.971→81.27 Å / Num. all: 10223 / Num. obs: 10205 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.36 % / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル最高解像度: 2.971 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.97→81.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 39.314 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25719 523 5.1 %RANDOM
Rwork0.19559 ---
obs0.19834 9769 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 123.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å2-0 Å20 Å2
2--0.73 Å2-0 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.97→81.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2786 165 15 2966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2121.4185163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.72133461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0659.6023238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.0569.5983233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.80914.5665154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.00393.3854444
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.80493.3024442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.971→3.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 40 -
Rwork0.398 703 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89241.079-0.82070.8926-0.2291.143-0.05020.08510.2465-0.0391-0.32560.41020.1757-0.12840.37590.45780.03680.00030.6259-0.25330.409432.2257.8265.945
22.37540.1855-0.5532.4013-0.71260.3670.0211-0.0398-0.04910.1109-0.1364-0.1008-0.04090.04830.11530.49660.0177-0.0620.5107-0.02870.121650.1161.39369.117
30.132-0.096-0.0440.11860.04360.0317-0.0910.04-0.1162-0.0810.07070.11910.0160.02290.02030.7007-0.0556-0.12610.7451-0.08680.191951.04975.20489.448
42.6220.28670.43351.43771.19321.5966-0.4971-0.04110.5498-0.10190.14460.3348-0.12970.29970.35250.51050.0427-0.15950.5566-0.09160.206122.74648.151.233
50.2047-0.0544-0.180.76180.43740.4698-0.1205-0.12810.09470.02280.08880.02820.08990.09980.03170.49260.0491-0.0770.5653-0.0270.125324.07431.0244.859
60.291-0.27490.00072.3986-0.55470.1603-0.08320.06190.09210.04410.19370.2077-0.0005-0.0855-0.11050.556-0.0066-0.0650.57740.0610.13939.59631.57124.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 42
3X-RAY DIFFRACTION2B10 - 15
4X-RAY DIFFRACTION3A43 - 50
5X-RAY DIFFRACTION3B1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION4C1 - 21
7X-RAY DIFFRACTION5C22 - 42
8X-RAY DIFFRACTION5D10 - 15
9X-RAY DIFFRACTION6C43 - 50
10X-RAY DIFFRACTION6D1 - 9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る