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- PDB-5kth: Structure of cow mincle complexed with brartemicin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kth
タイトルStructure of cow mincle complexed with brartemicin
要素mincle protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glycobiology / carbohydrate-binding protein / C-type lectin / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding ...Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / 2,4-dihydroxy-6-methyl Benzoic acid / TRIETHYLENE GLYCOL / C-type lectin domain family 4 member E
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Feinberg, H. / Rambaruth, N.D.S. / Jegouzo, S.A.F. / Jacobsen, K.M. / Djurhuus, R. / Poulsen, T.B. / Taylor, M.E. / Drickamer, K. / Weis, W.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust093599 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Binding Sites for Acylated Trehalose Analogs of Glycolipid Ligands on an Extended Carbohydrate Recognition Domain of the Macrophage Receptor Mincle.
著者: Feinberg, H. / Rambaruth, N.D. / Jegouzo, S.A. / Jacobsen, K.M. / Djurhuus, R. / Poulsen, T.B. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. / Drickamer, K.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mincle protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2488
ポリマ－17,2991
非ポリマー9497
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.332, 98.332, 45.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 mincle protein


分子量: 17299.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CLEC4E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BHM0
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 70分子

#3: 化合物 ChemComp-6X7 / 2,4-dihydroxy-6-methyl Benzoic acid / オルセリン酸


分子量: 168.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細Authors have indicated that the sample sequence matches with the database reference NCBI SEQUENCE ...Authors have indicated that the sample sequence matches with the database reference NCBI SEQUENCE XM_592701.4 and the conflict at residue 174 is a known polymorphism.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein solution: 4.1 mg/mL mincle, 5 mM CaCl2, 10 mM Tris (pH 8.0), 25 mM NaCl and 5 mM brartemicin. Reservoir solution: 25% Peg 3.35K, 0.2 NaCl2, 0.1 M Bis-Tris pH=5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.45 Å / Num. obs: 13146 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 35.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.2750.357197.8
9.06-33.454.40.054196.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ZRW

4zrw


解像度: 2.21→33.45 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 623 4.83 %
Rwork0.168 --
obs0.17 12886 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.49 Å2 / Biso mean: 40.8 Å2 / Biso min: 20.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→33.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1174 0 58 64 1296
Biso mean--51.58 42.65 -
残基数----143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9831742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.647756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2103-2.43270.24781640.19142973313798
2.4327-2.78460.21441590.188830453204100
2.7846-3.50770.25911420.183731093251100
3.5077-33.45180.1761580.14853136329499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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