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- PDB-5kt5: Teranry complex of human DNA polymerase iota R96G inserting dCMPN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kt5
タイトルTeranry complex of human DNA polymerase iota R96G inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase iota
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase / POLI / R96G / manganese
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KX / : / DNA / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Choi, J.Y. / Patra, A. / Yeom, M. / Lee, Y.S. / Zhang, Q. / Egli, M. / Guengerich, F.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01 ES010375 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01 ES010546 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Kinetic and Structural Impact of Metal Ions and Genetic Variations on Human DNA Polymerase iota.
著者: Choi, J.Y. / Patra, A. / Yeom, M. / Lee, Y.S. / Zhang, Q. / Egli, M. / Guengerich, F.P.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3')
P: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
A: DNA polymerase iota
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3536
ポリマ－54,7773
非ポリマー5763
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.111, 98.111, 202.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3051.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2107.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA polymerase iota / Eta2 / RAD30 homolog B


分子量: 49617.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 13分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-0KX / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine


分子量: 466.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N4O12P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→42.483 Å / Num. obs: 14993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 53.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/av σ(I): 30.125 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.8521.30.8420.959199.9
2.85-2.921.20.8120.945199.7
2.9-2.9621.60.5840.97199.9
2.96-3.0221.60.5490.971199.9
3.02-3.0821.50.4610.979199.7
3.08-3.1521.70.3530.987199.9
3.15-3.2321.60.2680.993199.9
3.23-3.3221.50.2220.9951100
3.32-3.4221.60.1720.997199.9
3.42-3.5321.40.1760.9961100
3.53-3.6521.40.140.9981100
3.65-3.821.10.1220.9981100
3.8-3.9721.40.1060.9991100
3.97-4.1821.10.090.9991100
4.18-4.4421.10.080.9991100
4.44-4.7920.90.0790.9991100
4.79-5.2720.70.0820.9991100
5.27-6.0320.50.0780.999199.9
6.03-7.5919.90.0580.999199.9
7.59-5017.50.0470.999199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.798→42.483 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 781 5.24 %
Rwork0.2236 --
obs0.2258 14915 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.07 Å2 / Biso mean: 51.4303 Å2 / Biso min: 12.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.798→42.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2887 345 30 10 3272
Biso mean--31.65 34.06 -
残基数----396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6294597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8421980
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.798-2.97290.38261090.276823152424100
2.9729-3.20230.30311400.264922692409100
3.2023-3.52450.26961370.23323112448100
3.5245-4.03410.29431510.225923072458100
4.0341-5.08120.25861030.200824022505100
5.0812-42.48820.21221410.21132530267199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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