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- PDB-5ksd: Crystal Structure of a Plasma Membrane Proton Pump -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ksd
タイトルCrystal Structure of a Plasma Membrane Proton Pump
要素ATPase 2, plasma membrane-type
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P-type ATPase Proton transport
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type H+-exporting transporter / proton export across plasma membrane / P-type proton-exporting transporter activity / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIIA / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus ...P-type ATPase, subfamily IIIA / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / : / ATPase 2, plasma membrane-type
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Croll, T. / Pedersen, B.P. / Nissen, P.
引用
ジャーナル: Front Physiol / 年: 2017
タイトル: Improved Model of Proton Pump Crystal Structure Obtained by Interactive Molecular Dynamics Flexible Fitting Expands the Mechanistic Model for Proton Translocation in P-Type ATPases.
著者: Focht, D. / Croll, T.I. / Pedersen, B.P. / Nissen, P.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the plasma membrane proton pump.
著者: Pedersen, B.P. / Buch-Pedersen, M.J. / Morth, J.P. / Palmgren, M.G. / Nissen, P.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年8月10日ID: 3b8c
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase 2, plasma membrane-type
B: ATPase 2, plasma membrane-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,82512
ポリマ－182,6182
非ポリマー2,20710
水00
1
A: ATPase 2, plasma membrane-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4136
ポリマ－91,3091
非ポリマー1,1045
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATPase 2, plasma membrane-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4136
ポリマ－91,3091
非ポリマー1,1045
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.290, 144.420, 312.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ATPase 2, plasma membrane-type / Proton pump 2


分子量: 91309.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AHA2, At4g30190, F9N11.40 / プラスミド: PMP-652 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): RS-72 / 参照: UniProt: P19456, EC: 3.6.3.6
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.04 %
解説: Large crystals, often with a growth defect in the center. See Pedersen BP et al Nature 450 (2007) Supplementary Information for details and pictures.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 400, Sucrose, KCl, C12E8, Cymal-5, DDM, MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.007829 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007829 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 49499 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 109.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.5-3.60.8491.83199.9
3.6-3.70.8382.17199.9
3.7-3.80.8222.361100
3.8-3.90.7522.611100
3.9-40.6942.871100
4-4.30.5553.631100
4.3-4.60.3735.31100
4.6-50.2826.81100
5-60.29.21100
6-70.12815.121100
7-80.08223.631100
8-100.05630.741100
10-120.04533.86199.8
12-150.03834.061100
15-200.03534.2199.8
20-300.03429.89192.3
300.05319.08126.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2376精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.5→52.018 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3239 1998 4.04 %random
Rwork0.2873 ---
obs0.2888 49405 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 323.23 Å2 / Biso mean: 139.6391 Å2 / Biso min: 59.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→52.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12832 0 138 0 12970
Biso mean--128.49 --
残基数----1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87317928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1917892
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5001-3.58760.3911390.40843285342498
3.5876-3.68460.41771400.405633393479100
3.6846-3.79290.3971400.376133323472100
3.7929-3.91530.41281430.352233853528100
3.9153-4.05520.36281420.3333593501100
4.0552-4.21750.29661410.309433433484100
4.2175-4.40940.3161410.281733543495100
4.4094-4.64170.29021420.256333643506100
4.6417-4.93230.26471430.260133903533100
4.9323-5.31280.32131430.257133943537100
5.3128-5.84680.33951430.276933863529100
5.8468-6.69130.29161450.276134353580100
6.6913-8.42460.26951470.258434823629100
8.4246-52.02410.32871490.2583559370898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65211.5329-1.16851.7824-1.57962.94410.0740.13140.0962-0.32020.67920.61110.3851-1.6194-0.59541.0067-0.04220.15831.66610.03310.9703-16.2064-16.581735.0501
20.5072-1.04190.06082.85-1.41864.0622-0.0345-0.50020.20220.24760.18730.3703-0.8664-0.5776-0.11090.7953-0.04940.01071.3193-0.30580.6883-1.4642-2.567233.6865
32.830.13180.55593.6641.73851.7845-0.10060.8057-0.21030.49450.2419-0.4036-0.72860.5032-0.05591.0701-0.21660.05690.81920.22550.756614.71741.7972-0.4317
4-0.02470.01621.19061.08671.67233.9840.53940.1291-0.73950.8180.1107-0.09772.17090.1719-0.60281.8489-0.0693-0.25391.6781-0.03331.102316.7653-40.158973.9063
53.54750.49081.66380.72740.7824.87990.4434-0.2278-0.13690.0581-0.1759-0.23180.18640.3055-0.44730.8864-0.1325-0.10750.8661-0.08040.569624.9544-21.698675.5427
62.69030.71.02561.8544-0.18940.6825-0.1232-0.96120.0070.89150.21880.2359-0.5339-0.51880.19130.8981-0.9531-0.57110.8658-0.07450.913524.1436-5.7696110.1553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))A12 - 479
2X-RAY DIFFRACTION1(chain A and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))A1001
3X-RAY DIFFRACTION1(chain A and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))A1002
4X-RAY DIFFRACTION1(chain A and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))A1003
5X-RAY DIFFRACTION1(chain A and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))A1006
6X-RAY DIFFRACTION2(chain A and (resid 480:703 or resid 1005))A480 - 703
7X-RAY DIFFRACTION2(chain A and (resid 480:703 or resid 1005))A1005
8X-RAY DIFFRACTION3(chain A and (resid 704:844 or resid 1007))A704 - 844
9X-RAY DIFFRACTION3(chain A and (resid 704:844 or resid 1007))A1007
10X-RAY DIFFRACTION4(chain B and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))B12 - 479
11X-RAY DIFFRACTION4(chain B and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))B1001
12X-RAY DIFFRACTION4(chain B and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))B1002
13X-RAY DIFFRACTION4(chain B and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))B1003
14X-RAY DIFFRACTION4(chain B and (resid 12:479 or resid 1001 or resid 1002 or resid 1003 or resid 1006))B1006
15X-RAY DIFFRACTION5(chain B and (resid 480:703 or resid 1005))B480 - 703
16X-RAY DIFFRACTION5(chain B and (resid 480:703 or resid 1005))B1005
17X-RAY DIFFRACTION6(chain B and (resid 704:844 or resid 1007))B704 - 844
18X-RAY DIFFRACTION6(chain B and (resid 704:844 or resid 1007))B1007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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