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- PDB-5ks8: Crystal structure of two-subunit pyruvate carboxylase from Methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ks8
タイトルCrystal structure of two-subunit pyruvate carboxylase from Methylobacillus flagellatus
要素
  • Pyruvate carboxylase subunit alpha
  • Pyruvate carboxylase subunit beta
キーワードLIGASE / Biotin / TIM Barrel / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA carboxylase / biotin carboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / sodium ion transport / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit / Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain ...Oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit / Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / ATP-grasp fold, B domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Aldolase-type TIM barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BTI / : / PYRUVIC ACID / Oxaloacetate decarboxylase alpha subunit / Biotin carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Choi, P.H. / Tong, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK067238 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD012018 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103369 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: A distinct holoenzyme organization for two-subunit pyruvate carboxylase.
著者: Choi, P.H. / Jo, J. / Lin, Y.C. / Lin, M.H. / Chou, C.Y. / Dietrich, L.E. / Tong, L.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase subunit alpha
B: Pyruvate carboxylase subunit alpha
C: Pyruvate carboxylase subunit beta
D: Pyruvate carboxylase subunit beta
E: Pyruvate carboxylase subunit beta
F: Pyruvate carboxylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,94012
ポリマ－358,3716
非ポリマー5696
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23880 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area112480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)285.760, 285.760, 274.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13C
23E
14D
24E
15D
25F
16E
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLYAA1 - 4711 - 404
21METMETGLYGLYBB1 - 4711 - 404
12LYSLYSPROPROCC3 - 6163 - 616
22LYSLYSPROPRODD3 - 6163 - 616
13LYSLYSVALVALCC3 - 5103 - 510
23LYSLYSVALVALEE3 - 5103 - 510
14LYSLYSVALVALDD3 - 5103 - 510
24LYSLYSVALVALEE3 - 5103 - 510
15LYSLYSPROPRODD3 - 6163 - 616
25LYSLYSPROPROFF3 - 6163 - 616
16LYSLYSVALVALEE3 - 5103 - 510
26LYSLYSVALVALFF3 - 5103 - 510

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate carboxylase subunit alpha


分子量: 45053.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (バクテリア), (組換発現) Methylobacillus flagellatus (strain KT / ATCC 51484 / DSM 6875) (バクテリア)
株: KT / ATCC 51484 / DSM 6875 / 遺伝子: Mfla_1511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1H158
#2: タンパク質
Pyruvate carboxylase subunit beta


分子量: 67066.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (strain KT / ATCC 51484 / DSM 6875) (バクテリア)
株: KT / ATCC 51484 / DSM 6875 / 遺伝子: Mfla_1512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1H157
#3: 化合物 ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19% (w/v) PEG3350, 2% tacsimate (pH 6.0) (Hampton), and 3% (v/v) ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→50 Å / Num. obs: 81321 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.01→3.11 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SnBTHEN SOLVE/RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: S. aureus pyruvate carboxylase

解像度: 3.01→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 18.734 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27151 4072 5 %RANDOM
Rwork0.22527 ---
obs0.22761 77247 95.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 106.271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21654 0 30 0 21684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01922057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0220811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.96129987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.166347702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67552882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93924.38920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.446153498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.66115134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.23502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02125371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A241100.1
12B241100.1
21C320500.15
22D320500.15
31C162220.16
32E162220.16
41D160850.16
42E160850.16
51D244220.13
52F244220.13
61E135390.16
62F135390.16
LS精密化 シェル解像度: 3.008→3.17 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 603 -
Rwork0.291 11129 -
obs--95.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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