PDB-5kqu: Directed Evolution of Transaminases By Ancestral Reconstruction. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kqu

タイトル

Directed Evolution of Transaminases By Ancestral Reconstruction. Using Old Proteins for New Chemistries

要素

4-aminobutyrate transaminase

キーワード

TRANSFERASE / phylogenetics / directed evolution / transaminase / protein engineering

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Wilding, M. / Newman, J. / Peat, T.S. / Scott, C.

引用

ジャーナル: Green Chemistry / 年: 2017
タイトル: Reverse engineering: transaminase biocatalyst development using ancestral sequence reconstruction
著者: Wilding, M. / Peat, T.S. / Kalyaanamoorthy, S. / Newman, J. / Scott, C. / Jermiin, L.S.

履歴

登録	2016年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年5月30日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_site.Cartn_x / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_starting_model / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_shell.d_res_low / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 2.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kqu.cif.gz	515.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kqu.ent.gz	425.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kqu_validation.pdf.gz	492.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kqu_full_validation.pdf.gz	517.8 KB	表示
XML形式データ	5kqu_validation.xml.gz	92.4 KB	表示
CIF形式データ	5kqu_validation.cif.gz	125.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kqtSC 5kqwC 5kr3C 5kr4C 5kr5C 5kr6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p3d-d 2atl-d 1lfl-d 2iy1-d 1lt6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-aminobutyrate transaminase

B: 4-aminobutyrate transaminase

C: 4-aminobutyrate transaminase

D: 4-aminobutyrate transaminase

E: 4-aminobutyrate transaminase

F: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

314 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-aminobutyrate transaminase

D: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-aminobutyrate transaminase

C: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 4-aminobutyrate transaminase

F: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.104, 146.886, 131.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	3 - 458	23 - 478
2	1	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	3 - 458	23 - 478
1	2	PHE	PHE	VAL	VAL	A	A	4 - 458	24 - 478
2	2	PHE	PHE	VAL	VAL	C	C	4 - 458	24 - 478
1	3	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	3 - 459	23 - 479
2	3	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	3 - 459	23 - 479
1	4	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	3 - 459	23 - 479
2	4	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	3 - 459	23 - 479
1	5	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	3 - 458	23 - 478
2	5	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	3 - 458	23 - 478
1	6	THR	THR	VAL	VAL	B	B	2 - 458	22 - 478
2	6	THR	THR	VAL	VAL	C	C	2 - 458	22 - 478
1	7	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	3 - 458	23 - 478
2	7	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	3 - 458	23 - 478
1	8	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	3 - 458	23 - 478
2	8	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	3 - 458	23 - 478
1	9	THR	THR	VAL	VAL	B	B	2 - 458	22 - 478
2	9	THR	THR	VAL	VAL	F	F	2 - 458	22 - 478
1	10	ASP	ASP	VAL	VAL	C	C	3 - 458	23 - 478
2	10	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	3 - 458	23 - 478
1	11	ASP	ASP	VAL	VAL	C	C	3 - 458	23 - 478
2	11	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	3 - 458	23 - 478
1	12	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 459	21 - 479
2	12	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 459	21 - 479
1	13	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	3 - 459	23 - 479
2	13	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	3 - 459	23 - 479
1	14	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	3 - 458	23 - 478
2	14	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	3 - 458	23 - 478
1	15	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	3 - 458	23 - 478
2	15	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	3 - 458	23 - 478

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	4-aminobutyrate transaminase 分子量: 52009.090 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 150 plus 150 nL drops with protein at 10 mg/mL and a reservoir of 15% PEG 8000, 13% glycerol, 155 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→48.9 Å / Num. obs: 83580 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.62→2.67 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KQT

5kqt

解像度: 2.62→48.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 11.579 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.304 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	4128	4.9 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	79422	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.51 Å²	0 Å²	0.5 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20959	0	90	146	21195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	21589
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	20505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.962	29275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.986	3	47151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.643	5	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.132	23.412	929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.49	15	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.144	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	24637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.37	3.953	11012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.368	3.953	11011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.68	5.925	13765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.681	5.925	13766
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.803	4.292	10577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.803	4.292	10578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.507	6.307	15511
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.157	75.839	90351
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.156	75.847	90324
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29552	0.04
1	2	B	29552	0.04
2	1	A	29432	0.04
2	2	C	29432	0.04
3	1	A	29468	0.06
3	2	D	29468	0.06
4	1	A	29480	0.05
4	2	E	29480	0.05
5	1	A	29472	0.05
5	2	F	29472	0.05
6	1	B	29642	0.05
6	2	C	29642	0.05
7	1	B	29520	0.05
7	2	D	29520	0.05
8	1	B	29500	0.05
8	2	E	29500	0.05
9	1	B	29614	0.05
9	2	F	29614	0.05
10	1	C	29406	0.06
10	2	D	29406	0.06
11	1	C	29430	0.05
11	2	E	29430	0.05
12	1	C	29622	0.05
12	2	F	29622	0.05
13	1	D	29466	0.06
13	2	E	29466	0.06
14	1	D	29482	0.06
14	2	F	29482	0.06
15	1	E	29572	0.04
15	2	F	29572	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.62→2.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	298	-
R_work	0.297	5627	-
obs	-	-	96.09 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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