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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kqc | ||||||
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タイトル | Identification and structural characterization of LytU | ||||||
要素 | Peptidase M23 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / lysostaphin / LytU / peptidoglycan / zinc | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysostaphin / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / membrane => GO:0016020 / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Tossavainen, H. / Raulinaitis, V. / Permi, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Identification and structural characterization of LytU, a unique peptidoglycan endopeptidase from the lysostaphin family. 著者: Raulinaitis, V. / Tossavainen, H. / Aitio, O. / Juuti, J.T. / Hiramatsu, K. / Kontinen, V. / Permi, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kqc.cif.gz | 652.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kqc.ent.gz | 552 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5kqc_validation.pdf.gz | 484 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5kqc_full_validation.pdf.gz | 641.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5kqc_validation.xml.gz | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5kqc_validation.cif.gz | 68.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kqc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16272.134 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-192 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: lytM_3, AS858_11005, ERS093009_01996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6GI13, UniProt: Q2G1F1*PLUS, lysostaphin |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] LytU, 20 mM bisTris buffer, 1.25 mM zinc chloride, 93% H2O/7% D2O Label: sample_1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | Ionic strength units: Not defined / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |