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- PDB-5kpr: PANK3-AMPPNP-Pantothenate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kpr
タイトルPANK3-AMPPNP-Pantothenate complex
要素Pantothenate kinase 3
キーワードTRANSFERASE / PANK / Substrate / Complex / Pantothenate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PANTOTHENOIC ACID / Pantothenate kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.827 Å
データ登録者White, S.W. / Yun, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Allosteric Regulation of Mammalian Pantothenate Kinase.
著者: Subramanian, C. / Yun, M.K. / Yao, J. / Sharma, L.K. / Lee, R.E. / White, S.W. / Jackowski, S. / Rock, C.O.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9385
ポリマ－42,1261
非ポリマー8124
水2,900161
1
A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子

A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,87510
ポリマ－84,2522
非ポリマー1,6248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area7880 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.965, 98.965, 68.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pantothenate kinase 3 / hPanK3 / Pantothenic acid kinase 3


分子量: 42125.750 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK3 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H999, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 5種, 165分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE / パントテン酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.827→36.372 Å / Num. obs: 34465 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.842 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3SMS

3sms


解像度: 1.827→36.372 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 1722 5 %Random selection
Rwork0.171 ---
obs0.1721 34445 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.827→36.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 51 161 2949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9623864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9471647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.827-1.88070.22881330.20782505X-RAY DIFFRACTION92
1.8807-1.94140.20971410.17552688X-RAY DIFFRACTION99
1.9414-2.01080.21081430.16392708X-RAY DIFFRACTION100
2.0108-2.09130.20251400.16722694X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.18650.20271450.16842720X-RAY DIFFRACTION100
2.1865-2.30170.21761450.17042750X-RAY DIFFRACTION100
2.3017-2.44590.2131440.17362723X-RAY DIFFRACTION100
2.4459-2.63470.19821430.1742758X-RAY DIFFRACTION100
2.6347-2.89980.20711460.17752751X-RAY DIFFRACTION100
2.8998-3.31910.17021490.17412757X-RAY DIFFRACTION100
3.3191-4.18080.17571410.16092789X-RAY DIFFRACTION100
4.1808-36.37890.18741520.17112880X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62830.22750.8020.81980.0741.3080.0672-0.3005-0.01820.107-0.0848-0.0960.0924-0.08630.01450.1375-0.0160.00290.15710.00370.120922.2153-21.9975-6.0986
26.74690.38511.1992.7187-1.40132.11910.0526-0.23140.22810.0266-0.0463-0.0541-0.1467-0.1474-0.00170.123-0.005-0.0060.166-0.02810.115821.9163-16.1657-9.7582
38.40068.36967.32858.60027.4626.49180.09670.0752-0.1115-0.1474-0.0752-0.15010.19750.0756-0.02150.3369-0.0156-0.11980.35960.11370.45727.1172-21.6116-18.6564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 7:369 )A7 - 369
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 402:402 )A402
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 404:404 )A404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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