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- PDB-5kpk: Glycogen Synthase Kinase 3 beta Complexed with BRD0209 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kpk
タイトルGlycogen Synthase Kinase 3 beta Complexed with BRD0209
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / NF-kappaB binding / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / hippocampus development / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of protein ubiquitination / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / excitatory postsynaptic potential / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / histone H3T45 kinase activity / mitochondrion organization / positive regulation of cell differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6VK / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Nadupalli, A. / Suto, R.K.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2018
タイトル: Exploiting an Asp-Glu "switch" in glycogen synthase kinase 3 to design paralog-selective inhibitors for use in acute myeloid leukemia.
著者: Wagner, F.F. / Benajiba, L. / Campbell, A.J. / Weiwer, M. / Sacher, J.R. / Gale, J.P. / Ross, L. / Puissant, A. / Alexe, G. / Conway, A. / Back, M. / Pikman, Y. / Galinsky, I. / DeAngelo, D.J. ...著者: Wagner, F.F. / Benajiba, L. / Campbell, A.J. / Weiwer, M. / Sacher, J.R. / Gale, J.P. / Ross, L. / Puissant, A. / Alexe, G. / Conway, A. / Back, M. / Pikman, Y. / Galinsky, I. / DeAngelo, D.J. / Stone, R.M. / Kaya, T. / Shi, X. / Robers, M.B. / Machleidt, T. / Wilkinson, J. / Hermine, O. / Kung, A. / Stein, A.J. / Lakshminarasimhan, D. / Hemann, M.T. / Scolnick, E. / Zhang, Y.L. / Pan, J.Q. / Stegmaier, K. / Holson, E.B.
履歴
登録2016年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0544
ポリマ－94,3592
非ポリマー6952
水4,324240
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5272
ポリマ－47,1791
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5272
ポリマ－47,1791
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.367, 67.709, 67.558
Angle α, β, γ (deg.)79.560, 88.180, 76.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 47179.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / プラスミド: PACg2T Baculogold
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6VK / (4~{S})-3-cyclopropyl-4,7,7-trimethyl-4-phenyl-2,6,8,9-tetrahydropyrazolo[3,4-b]quinolin-5-one


分子量: 347.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir: 0.15 M DL-malic acid, pH 7.0, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月19日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 41861 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 0.987 / Net I/av σ(I): 17.433 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 156205
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.493.40.506194.4
2.49-2.593.60.412197.4
2.59-2.73.80.317197.9
2.7-2.853.80.241198
2.85-3.023.80.163198.2
3.02-3.263.80.119198.5
3.26-3.583.80.079198.7
3.58-4.13.80.06198.9
4.1-5.173.70.049199.3
5.17-503.70.038199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.849 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.2447 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 2099 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.1699 39762 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.63 Å2 / Biso mean: 55.822 Å2 / Biso min: 28.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20.72 Å22.58 Å2
2---0.47 Å2-0.13 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 52 240 5836
Biso mean--38.05 52.39 -
残基数----692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.9967836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.106312688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2885688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45722.988251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.53415943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2821546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6175.342764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6165.3392765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8517.9933448
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 132 -
Rwork0.296 2609 -
all-2741 -
obs--86.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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