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- PDB-5kox: Structure of rifampicin monooxygenase complexed with rifampicin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kox
タイトルStructure of rifampicin monooxygenase complexed with rifampicin
要素Pentachlorophenol 4-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


pentachlorophenol monooxygenase / pentachlorophenol monooxygenase activity / rifampicin monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin ...Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / RIFAMPICIN / Pentachlorophenol 4-monooxygenase / Rifampicin monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardia farcinica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Liu, L.-K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1506206 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1021384 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Antibiotic Deactivating, N-hydroxylating Rifampicin Monooxygenase.
著者: Liu, L.K. / Abdelwahab, H. / Martin Del Campo, J.S. / Mehra-Chaudhary, R. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentachlorophenol 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3263
ポリマ－51,7181
非ポリマー1,6082
水2,918162
1
A: Pentachlorophenol 4-monooxygenase
ヘテロ分子

A: Pentachlorophenol 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6526
ポリマ－103,4352
非ポリマー3,2174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area7870 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area35460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.439, 81.439, 287.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-682-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pentachlorophenol 4-monooxygenase


分子量: 51717.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nocardia farcinica (バクテリア) / 遺伝子: pcpB_1, ERS450000_00511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H5NE66, UniProt: Q5YTV5*PLUS, pentachlorophenol monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-RFP / RIFAMPICIN


分子量: 822.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H58N4O12 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The reservoir contained 17% (w/v) PEG 3350, 200 mM magnesium chloride, and 2.5% glycerol. The protein stock solution included 5 mM rifampicin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→57.47 Å / Num. obs: 97168 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 17.11 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 36.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.8412.80.4530.884183.9
9-57.4715.10.0271198.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
PHENIX(1.10_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k2x

4k2x


解像度: 1.8→56.793 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 3707 3.82 %
Rwork0.1796 --
obs0.181 97168 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.11 Å2 / Biso mean: 21.4772 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→56.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3614 0 105 162 3881
Biso mean--18.46 21.57 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.515197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.12213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82370.24821200.22013021314182
1.8237-1.84870.26271250.20363149327485
1.8487-1.87510.24611280.18983292342092
1.8751-1.90310.24391410.18293609375097
1.9031-1.93280.21161460.186836603806100
1.9328-1.96450.25471480.187536053753100
1.9645-1.99840.22851430.187436793822100
1.9984-2.03470.23411470.18436803827100
2.0347-2.07390.25851450.186536463791100
2.0739-2.11620.22741440.184236243768100
2.1162-2.16220.2311450.180136673812100
2.1622-2.21250.19091420.178136573799100
2.2125-2.26790.26951410.180336723813100
2.2679-2.32920.2741440.1836553799100
2.3292-2.39770.22361450.180736793824100
2.3977-2.47510.25111460.186236503796100
2.4751-2.56360.21751440.18736513795100
2.5636-2.66620.24331490.196536373786100
2.6662-2.78750.26141450.192336313776100
2.7875-2.93450.21491420.197936793821100
2.9345-3.11830.21451510.204536703821100
3.1183-3.35910.21781450.195636483793100
3.3591-3.69710.20561480.176536573805100
3.6971-4.23190.16411450.158936353780100
4.2319-5.33110.15551500.143836513801100
5.3311-56.82160.18851380.153636573795100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9181-0.02480.23461.12880.32230.5499-0.0051-0.04940.1567-0.0317-0.05290.1409-0.0589-0.07360.05650.11480.025-0.00410.105-0.0180.13032.951836.1431-11.0128
21.3866-0.75170.04651.679-0.821.63990.17520.16990.1312-0.2253-0.1031-0.03190.02720.1199-0.07370.19090.04470.02460.16070.0140.146518.390335.2516-34.5442
30.7532-0.3134-0.45680.95170.56310.8925-0.0359-0.0787-0.01370.0657-0.00260.04450.07570.00760.03520.11840.0267-0.00440.09970.00570.09639.207922.1454-11.7386
42.07870.4732-0.3081.31410.2461.9715-0.0596-0.1239-0.28220.1958-0.02380.24310.2317-0.03970.05760.1790.02180.05330.1331-0.00320.2369-12.402517.0162-0.8865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 170 )A1 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 258 )A171 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 259 through 377 )A259 - 377
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 378 through 473 )A378 - 473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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