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- PDB-5kow: Structure of rifampicin monooxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kow
タイトルStructure of rifampicin monooxygenase
要素Pentachlorophenol 4-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


pentachlorophenol monooxygenase / pentachlorophenol monooxygenase activity / rifampicin monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Glutaredoxin / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pentachlorophenol 4-monooxygenase / Rifampicin monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardia farcinica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Liu, L.-K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1506206 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1021384 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Antibiotic Deactivating, N-hydroxylating Rifampicin Monooxygenase.
著者: Liu, L.K. / Abdelwahab, H. / Martin Del Campo, J.S. / Mehra-Chaudhary, R. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentachlorophenol 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5623
ポリマ－51,7181
非ポリマー8452
水1,36976
1
A: Pentachlorophenol 4-monooxygenase
ヘテロ分子

A: Pentachlorophenol 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1246
ポリマ－103,4352
非ポリマー1,6894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area5130 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area37070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.489, 81.489, 282.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Pentachlorophenol 4-monooxygenase


分子量: 51717.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nocardia farcinica (バクテリア) / 遺伝子: pcpB_1, ERS450000_00511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H5NE66, UniProt: Q5YTV5*PLUS, pentachlorophenol monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The reservoir contained 2.4 M sodium acetate trihydrate at pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→63.12 Å / Num. obs: 61187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 21.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1616.90.530.9461100
8.91-63.1216.10.0320.999199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX(1.10_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k2x

4k2x


解像度: 2.1→63.118 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 23.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 3090 5.05 %
Rwork0.1867 --
obs0.1892 61187 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.23 Å2 / Biso mean: 27.6042 Å2 / Biso min: 11.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→63.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3611 0 57 76 3744
Biso mean--19.21 21.45 -
残基数----474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8295103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1992195
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.13280.32411150.227226422757
2.1328-2.16780.26961410.21826292770
2.1678-2.20520.31281370.212627162853
2.2052-2.24530.31381830.225225792762
2.2453-2.28850.30191470.220926072754
2.2885-2.33520.23371550.208126312786
2.3352-2.3860.2741250.226552780
2.386-2.44150.25371450.200826112756
2.4415-2.50250.28861390.203126522791
2.5025-2.57020.26361290.199126702799
2.5702-2.64580.25181100.201426632773
2.6458-2.73120.24711400.2126402780
2.7312-2.82880.26891480.206626342782
2.8288-2.94210.27311590.21526222781
2.9421-3.0760.25621290.221426392768
3.076-3.23810.25861400.214626772817
3.2381-3.4410.23061540.198826132767
3.441-3.70670.22671370.172626662803
3.7067-4.07960.18731310.153826462777
4.0796-4.66980.1871210.137826352756
4.6698-5.88280.18431630.14526342797
5.8828-63.14680.15741420.155326362778
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8765-0.1102-0.04950.6310.20640.44110.0360.0280.1229-0.0185-0.0678-0.0087-0.0601-0.05710.02780.1640.0229-0.00880.1424-0.03320.13982.716336.1667-10.7444
20.8028-0.4386-0.18161.1923-0.03251.07890.30370.1450.2416-0.4773-0.1511-0.3264-0.22170.2242-0.12240.45120.09830.16110.30420.01280.313118.94835.6034-33.7097
30.3249-0.2487-0.32190.6770.32270.4196-0.0244-0.0278-0.09960.0208-0.0619-0.08510.07240.03450.07610.1710.023-0.00820.1711-0.03540.16719.127822.2042-11.4827
41.19280.1793-0.06570.68670.14590.85050.0361-0.0306-0.39170.1164-0.02720.11550.1827-0.04310.01590.1930.01210.01950.1539-0.02640.2448-12.366317.074-0.6035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 170 )A0 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 258 )A171 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 259 through 377 )A259 - 377
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 378 through 473 )A378 - 473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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