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- PDB-5kmw: TOHO1 Beta lactamase mutant E166A/R274N/R276N -benzyl penicillin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kmw
タイトルTOHO1 Beta lactamase mutant E166A/R274N/R276N -benzyl penicillin complex
要素Beta-lactamase Toho-1
キーワードHYDROLASE / Class A beta-lactamase / substrate recognition / acyl-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OPEN FORM - PENICILLIN G / PENICILLIN G / Beta-lactamase Toho-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Coates, L. / Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Cooper, J.B. / Ginell, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)32102548 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: TOHO1 Beta lactamase mutant E166A/R274N/R276N -benzyl penicillin complex
著者: Coates, L. / Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Cooper, J.B. / Ginell, S.L.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase Toho-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9899
ポリマ－27,5031
非ポリマー1,4868
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.262, 72.262, 98.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3078-

HOH

21A-3264-

HOH

31A-3337-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase Toho-1


分子量: 27503.123 Da / 分子数: 1 / 変異: E165A, R271N, R273N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G


分子量: 336.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O4S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PNN / PENICILLIN G / ペニシリンG


分子量: 334.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N2O4S / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: batch mode / pH: 6.1
詳細: 30 microliters of 10 mg/ml protein concentration was added to a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1). For ligand soaking, crystals were placed for 2-3 ...詳細: 30 microliters of 10 mg/ml protein concentration was added to a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1). For ligand soaking, crystals were placed for 2-3 h in a reservoir solution containing 2.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate (pH 6.1), and 5.0 mM benzyl penicillin. The crystals were then placed momentarily in a reservoir solution containing a cryoprotectant (30% w/v trehalose) and subsequently flash-frozen in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 15 K
Ambient temp details: Cryo industries of America cryocool Helium cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.67 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.67 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→38.62 Å / Num. obs: 118234 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
XDSBUILT=20160617データスケーリング
SCALA3.3.18データスケーリング
Coot0.83モデル構築
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→10 Å / Num. parameters: 23165 / Num. restraintsaints: 28142 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.17 -RANDOM
obs0.136 98.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 19 / Occupancy sum non hydrogen: 2443.8
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2013 0 94 516 2623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0147
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.4
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.0988
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0436
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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