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万見
- PDB-5kmg: Near-atomic cryo-EM structure of PRC1 bound to the microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kmg
タイトルNear-atomic cryo-EM structure of PRC1 bound to the microtubule
要素
  • Protein regulator of cytokinesis 1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / mitosis / microtubule / microtubule-associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


contractile ring / mitotic spindle elongation / mitotic spindle midzone / mitotic spindle midzone assembly / RHO GTPases activate CIT / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport ...contractile ring / mitotic spindle elongation / mitotic spindle midzone / mitotic spindle midzone assembly / RHO GTPases activate CIT / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / kinesin binding / intercellular bridge / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / mitotic cell cycle / chromosome / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cell division / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / GTP binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1520 / Microtubule-associated protein, MAP65/Ase1/PRC1 / Microtubule associated protein (MAP65/ASE1 family) / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1520 / Microtubule-associated protein, MAP65/Ase1/PRC1 / Microtubule associated protein (MAP65/ASE1 family) / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Peloruside A / Protein regulator of cytokinesis 1 / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kellogg, E.H. / Howes, S. / Ti, S.-C. / Ramirez-Aportela, E. / Kapoor, T.M. / Chacon, P. / Nogales, E.
資金援助 米国, スペイン, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM051487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM65933 米国
Ministerio de Economia y CompetitividadBFU2013-44306-P スペイン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Near-atomic cryo-EM structure of PRC1 bound to the microtubule.
著者: Elizabeth H Kellogg / Stuart Howes / Shih-Chieh Ti / Erney Ramírez-Aportela / Tarun M Kapoor / Pablo Chacón / Eva Nogales /
要旨: Proteins that associate with microtubules (MTs) are crucial to generate MT arrays and establish different cellular architectures. One example is PRC1 (protein regulator of cytokinesis 1), which cross- ...Proteins that associate with microtubules (MTs) are crucial to generate MT arrays and establish different cellular architectures. One example is PRC1 (protein regulator of cytokinesis 1), which cross-links antiparallel MTs and is essential for the completion of mitosis and cytokinesis. Here we describe a 4-Å-resolution cryo-EM structure of monomeric PRC1 bound to MTs. Residues in the spectrin domain of PRC1 contacting the MT are highly conserved and interact with the same pocket recognized by kinesin. We additionally found that PRC1 promotes MT assembly even in the presence of the MT stabilizer taxol. Interestingly, the angle of the spectrin domain on the MT surface corresponds to the previously observed cross-bridge angle between MTs cross-linked by full-length, dimeric PRC1. This finding, together with molecular dynamic simulations describing the intrinsic flexibility of PRC1, suggests that the MT-spectrin domain interface determines the geometry of the MT arrays cross-linked by PRC1.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8266
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
P: Protein regulator of cytokinesis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6287
ポリマ－113,0893
非ポリマー1,5394
水00
1
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
P: Protein regulator of cytokinesis 1
ヘテロ分子
x 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,604,79298
ポリマ－1,583,24142
非ポリマー21,55156
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation13
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 14 / Rise per n subunits: 8.57 Å / Rotation per n subunits: -25.76 °)

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABP

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 49095.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: brain / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 48299.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質 Protein regulator of cytokinesis 1


分子量: 15693.940 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 341-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43663

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非ポリマー , 4種, 4分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-POU / Peloruside A / (1R,3R,4S,7S,9S,11S,13R,14R,15R)-4,11,13,14-tetrahydroxy-7-[(2Z,4R)-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl]-3,9,15-trimethoxy-12,12-dimethyl-6,17-dioxabicyclo[11.3.1]heptadecan-5-one


分子量: 548.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H48O11

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of PRC1 fragment (PRC1-SC), alpha-tubulin, and beta-tubulin.
タイプ: COMPLEX
詳細: The PRC1 fragment referred to as PRC1-SC contains the spectrin domain and the unstructured C-terminal domain, spanning (337-620)
Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 6.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
180 mMPIPESC8H18N2O6S21
21 mMmagnesium chlorideMgCl21
31 mMEGTAC14H24N2O101
41 mMDTTC4H10O2S21
50.05 % volNP-40octylphenoxypolyethoxyethanol1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: protochips CF-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 4 seconds, blot force 10

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 27500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1100 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 93 K
撮影平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 312
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2Leginon3.2画像取得leginon was used to collect images
3Appion3.2画像取得appion was used to store and do preliminary image processing
5CTFFIND4CTF補正
8UCSF Chimera1.1モデルフィッティング
10I-TASSER4.4モデル精密化
11iMODFIT1.04モデル精密化
12Rosetta3.6モデル精密化
13EMAN22.07初期オイラー角割当
14FREALIGN9.09最終オイラー角割当
16FREALIGN9.09３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -25.76 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.67 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 27275
詳細: manually selected microtubule filaments using manualpicker.py
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17069 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
13NRX

3nrx

3NRX11-130
24L6Y

4l6y

4L6Y2347-450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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