[日本語] English
万見
- PDB-5klx: Crystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomera... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5klx
タイトルCrystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Complexed with SF110
要素Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / protein binding / BURKHOLDERIA / PEPTIDYL / PROLINE
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein tag activity / protein folding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6UO / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ubiquitin-like protein SMT3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Fox III, D. / Edwards, T.E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Complexed with SF110
著者: Lorimer, D.D. / Fox III, D. / Seufert, F. / Edwards, T.E. / Holzgrabe, U.
履歴
登録2016年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,03013
ポリマ－92,0074
非ポリマー2,0239
水2,504139
1
A: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6345
ポリマ－23,0021
非ポリマー6324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4342
ポリマ－23,0021
非ポリマー4321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4342
ポリマ－23,0021
非ポリマー4321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5284
ポリマ－23,0021
非ポリマー5263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.890, 34.110, 119.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Chimera protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 23001.830 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Q12306 residues 13-98,UNP Q3JK38 residues 2-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: ATCC 204508 / S288c, 1710b / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, BURPS1710b_A0907 / プラスミド: PET28-HISSMT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: Q3JK38, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 5種, 148分子

#2: 化合物
ChemComp-6UO / 2-[(2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidin-2-yl]carbonyloxyethyl pyridine-3-carboxylate


分子量: 432.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N2O6S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BUPSA.00130.A.D21 (CID4597, SMT TAG ON, BATCH 1264062) AT 10.37MG/ML (IN 25MM TRIS, PH8.0, 200MM NACL, 1% GLYCEROL, 1MM TCEP BUFFER) WAS INCUBATED WITH 2MM SF110_S (BSI5665). CRYSTALS WERE ...詳細: BUPSA.00130.A.D21 (CID4597, SMT TAG ON, BATCH 1264062) AT 10.37MG/ML (IN 25MM TRIS, PH8.0, 200MM NACL, 1% GLYCEROL, 1MM TCEP BUFFER) WAS INCUBATED WITH 2MM SF110_S (BSI5665). CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR IFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND COMPLEX AND A SOLUTION CONTAINING 10% W/V PEG20,000, 20% V/V PEG MME 550, 0.03M MGCL2, 0.03M CACL2, 0.1M MES/IMIDAZOLE, PH6.5 (MORPHEUS A1). CRYSTAL TRACKING ID 273103A1, RVA0-10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月3日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 29732 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXDEV_2443精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3uf8

3uf8


解像度: 2.45→37.79 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1486 5 %
Rwork0.198 --
obs0.201 29705 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→37.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5148 0 139 139 5426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9167355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5723126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005966
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.53 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 131 -
Rwork0.2435 2465 -
all-2596 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6778-3.2741-1.30867.5632.74366.18050.0935-0.41030.42990.1505-0.0282-0.6282-0.06360.595-0.1360.423-0.18010.20580.5684-0.01780.5177-10.0129-2.3164143.4776
29.5421-1.97496.61294.4109-4.81897.54480.59880.55940.1398-1.13320.12941.34370.00970.1717-0.59590.718-0.11730.0570.39120.10510.4513-14.2179-2.2188135.3233
30.26480.5652-0.93474.82710.47865.2834-0.20330.39610.2891-1.5289-0.28150.3288-0.07070.60210.1711.14820.04190.33820.59770.19580.5824-11.98076.8306134.2963
41.5193-0.47350.6446.43881.6784.93090.14850.32450.4797-1.1411-0.0132-1.1996-0.2910.7678-0.04680.6328-0.13450.23920.7920.0450.6903-4.65960.2711137.1415
53.40890.3160.61241.8686-0.13333.5308-0.05180.2912-0.0119-0.17170.0183-0.0486-0.04640.0480.03770.2436-0.0066-0.02140.1067-0.02310.1675-28.010221.0469148.1998
65.28770.06180.03845.3457-2.13873.821-0.4567-0.1579-0.02720.6030.71130.1064-0.4213-1.0536-0.24160.60880.25480.17450.97780.23020.6656-9.913217.2555101.5574
71.12651.49890.46032.9008-0.07860.5142-0.33910.2534-0.47650.35180.628-1.2833-0.3444-0.2154-0.35710.57890.28060.11441.0176-0.09330.8114-5.9219.3227104.8093
82.99160.21060.72172.53020.05662.910.04290.33710.07310.048-0.0647-0.30120.21970.98910.02110.31070.0485-0.01730.65470.08110.3299-25.9002-6.2596112.185
98.08940.24287.13712.3871-0.06169.4195-0.45860.1670.1705-0.00340.3056-0.16190.11450.50730.1130.2521-0.00490.05940.59610.04990.4814-28.8211-3.0377108.4185
107.62213.97620.98275.7587-0.84173.25290.0231-0.656-0.89120.5550.41540.9454-0.1241-0.5288-0.30680.4937-0.13570.25810.87330.12850.9085-67.4042-5.0412165.8352
114.56460.2684-0.55293.0953-1.8954.0787-0.0324-0.2991-0.21920.1403-0.00140.157-0.0892-0.64910.04750.2330.020.01930.3972-0.0850.3126-49.069-24.8687157.9827
123.0339-0.52860.25256.08932.90146.3933-0.0842-0.76760.67031.00660.28350.0707-0.2375-0.4868-0.18930.63950.1888-0.00660.7501-0.18720.4233-62.5824-15.1926133.1568
132.12510.2079-0.53272.12470.17411.8975-0.0003-0.0187-0.0344-0.021-0.05370.1005-0.2871-0.0480.03990.35670.0489-0.06940.314-0.02870.2367-48.88834.1293123.5324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -76 through -58 )A-76 - -58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid -57 through -43 )A-57 - -43
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -42 through -27 )A-42 - -27
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid -26 through -6 )A-26 - -6
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid -5 through 113 )A-5 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -76 through -51 )B-76 - -51
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -50 through 4 )B-50 - 4
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 92 )B5 - 92
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 113 )B93 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid -75 through -6 )C-75 - -6
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 113 )C1 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid -76 through -21 )D-76 - -21
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid -20 through 113 )D-23 - 113

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る