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- PDB-5klu: Crystal Structure of a Domain-swapped Dimer of Yeast Iso-1-cytoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5klu
タイトルCrystal Structure of a Domain-swapped Dimer of Yeast Iso-1-cytochrome c with omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside
要素Cytochrome c iso-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron Transport Apoptosis Lipid Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside / HEME C / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Bowler, B.E. / Whitby, F.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1306903 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Cytochrome c Can Form a Well-Defined Binding Pocket for Hydrocarbons.
著者: McClelland, L.J. / Steele, H.B. / Whitby, F.G. / Mou, T.C. / Holley, D. / Ross, J.B. / Sprang, S.R. / Bowler, B.E.
履歴
登録2016年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02021年3月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,14910
ポリマ－23,5392
非ポリマー2,6108
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8120 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.489, 61.438, 74.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

21A-322-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 11769.448 Da / 分子数: 2 / 変異: K72A, C102S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-6UZ / omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl )-6-undec-10-enoxy-oxan-3-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservior: 90% ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5 Protein: 8 mg/mL in 75% ammonium sulfate Detergent: 12 mM w-undecylenyl-b-D-maltopyranoside in deionized water Mixed 2:2:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月5日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.43 Å / Num. obs: 17478 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 22.7 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.263 / Net I/σ(I): 23.3 / Num. measured all: 397044 / Scaling rejects: 2620
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0515.11.8191903612610.7620.4731.8811.698
8.94-37.4330.50.05472892390.9990.0110.05592.998.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.96 Å27.24 Å
Translation2.96 Å27.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.25データスケーリング
Blu-Ice5データ収集
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→37.083 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 3916 12.1 %
Rwork0.2008 28452 -
obs0.2073 32368 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.67 Å2 / Biso mean: 81.3354 Å2 / Biso min: 22.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→37.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 174 37 1840
Biso mean--80.17 50.01 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9572551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1331078
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9896-2.01390.3138710.310253961051
2.0139-2.03940.29351380.249610401178100
2.0394-2.06620.32631460.23911022116899
2.0662-2.09450.22051420.248910521194100
2.0945-2.12440.28191320.218910111143100
2.1244-2.15610.3031470.207210601207100
2.1561-2.18980.27421430.22151016115999
2.1898-2.22570.27171400.230410391179100
2.2257-2.26410.23821420.207510441186100
2.2641-2.30520.24721400.227110161156100
2.3052-2.34960.30531490.20981041119099
2.3496-2.39750.26321410.208810371178100
2.3975-2.44960.21331380.195610131151100
2.4496-2.50660.21221450.179110371182100
2.5066-2.56930.22511410.17811046118799
2.5693-2.63870.21821430.18021026116999
2.6387-2.71640.2221410.188210181159100
2.7164-2.8040.25981350.191110441179100
2.804-2.90420.22961490.204410591208100
2.9042-3.02040.27611430.219310101153100
3.0204-3.15780.29481490.21011028117799
3.1578-3.32420.21141420.203910251167100
3.3242-3.53230.26811430.192610361179100
3.5323-3.80480.26351450.20210451190100
3.8048-4.18720.27561430.197610381181100
4.1872-4.7920.26581420.170510351177100
4.792-6.03320.24651430.200810411184100
6.0332-37.08890.2551430.211210341177100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.087 Å / Origin y: 4.3674 Å / Origin z: -18.2492 Å
111213212223313233
T0.523 Å20.0188 Å2-0.1008 Å2-0.4236 Å20.0838 Å2--0.3976 Å2
L2.2731 °2-0.2984 °20.1137 °2-2.8025 °20.6568 °2--2.3656 °2
S0.0038 Å °0.6272 Å °0.1675 Å °-0.8275 Å °-0.0222 Å °0.4874 Å °-0.5312 Å °-0.3209 Å °-0.2588 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION1allB-3 - 105
3X-RAY DIFFRACTION1allC101
4X-RAY DIFFRACTION1allC102
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allD7 - 11
7X-RAY DIFFRACTION1allD13 - 24
8X-RAY DIFFRACTION1allD29 - 37
9X-RAY DIFFRACTION1allD38 - 50
10X-RAY DIFFRACTION1allD51 - 54
11X-RAY DIFFRACTION1allE1
12X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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