PDB-5kjv: Crystal structure of Coleus blumei HCT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kjv

タイトル

Crystal structure of Coleus blumei HCT

要素

Hydroxycinnamoyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / phenylpropanoid metabolism / BAHD / HCT / acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase / shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Plectranthus scutellarioides (キンランジソ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Levsh, O. / Chiang, Y.C. / Tung, C.F. / Noel, J.P. / Wang, Y. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 3件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Dynamic Conformational States Dictate Selectivity toward the Native Substrate in a Substrate-Permissive Acyltransferase.
著者: Levsh, O. / Chiang, Y.C. / Tung, C.F. / Noel, J.P. / Wang, Y. / Weng, J.K.

履歴

登録	2016年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kjv.cif.gz	494.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kjv.ent.gz	411.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kjv_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kjv_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
XML形式データ	5kjv_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	5kjv_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/5kjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/5kjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kjsC 5kjtC 5kjuC 5kjwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kjs-d 5kju-d 5g5j-d 6yu5-1 2dbw-2 6dd2-2 6hph-d 5iin-d 2z8j-1 6yii-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydroxycinnamoyl transferase

B: Hydroxycinnamoyl transferase

94.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydroxycinnamoyl transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hydroxycinnamoyl transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.550, 56.690, 107.840
Angle α, β, γ (deg.)	83.22, 89.65, 72.29
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Hydroxycinnamoyl transferase 分子量: 47177.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plectranthus scutellarioides (キンランジソ) 遺伝子: cbhct2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: E8ZAP2, shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1064 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris:HCl, 25% PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→53.6 Å / Num. obs: 199588 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 5.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.75→50.454 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 23.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	4002	2.62 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.1716	152836	90.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6650	0	0	1064	7714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	6832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.459	9306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.244	2484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1212

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7706	0.3782	46	0.2599	1972	X-RAY DIFFRACTION	34
1.7706-1.7922	0.269	76	0.2852	2174	X-RAY DIFFRACTION	38
1.7922-1.8149	0.3427	104	0.2674	3898	X-RAY DIFFRACTION	70
1.8149-1.8388	0.3285	126	0.2678	4997	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8388-1.864	0.2827	144	0.2591	5130	X-RAY DIFFRACTION	89
1.864-1.8906	0.331	128	0.2689	5205	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8906-1.9188	0.3386	133	0.2728	5188	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9188-1.9488	0.2561	144	0.2496	5297	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9488-1.9808	0.2568	140	0.2326	5388	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9808-2.0149	0.2743	158	0.2205	5320	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0149-2.0516	0.2521	154	0.2177	5379	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0516-2.091	0.286	141	0.2114	5413	X-RAY DIFFRACTION	93
2.091-2.1337	0.2323	148	0.1844	5466	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1337-2.1801	0.2437	140	0.1809	5482	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1801-2.2308	0.232	154	0.1808	5443	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2308-2.2866	0.2441	156	0.1873	5375	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2866-2.3484	0.2137	140	0.1622	5530	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3484-2.4175	0.223	142	0.1653	5454	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4175-2.4956	0.1948	144	0.1595	5558	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4956-2.5848	0.2168	150	0.1613	5380	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5848-2.6882	0.2093	156	0.1658	5490	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6882-2.8106	0.2176	136	0.1693	5468	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8106-2.9587	0.216	138	0.1753	5534	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9587-3.1441	0.213	148	0.1671	5580	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1441-3.3868	0.2142	146	0.156	5524	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3868-3.7275	0.1676	156	0.1373	5500	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7275-4.2667	0.1491	146	0.1262	5543	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2667-5.3746	0.1549	152	0.1137	5606	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3746-50.4747	0.1537	156	0.1453	5540	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -42.0732 Å / Origin y: 17.8632 Å / Origin z: -4.114 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0318 Å²	-0.0052 Å²	-0.0061 Å²	-	0.0756 Å²	-0.0002 Å²	-	-	0.0802 Å²
L	-0.0142 °²	-0.0074 °²	-0.1038 °²	-	0.0834 °²	0.0554 °²	-	-	0.6488 °²
S	0.0209 Å °	0.0119 Å °	0.0069 Å °	0.0049 Å °	0.0071 Å °	-0.0032 Å °	0.0039 Å °	-0.0311 Å °	0.0026 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)