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- PDB-5kjp: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kjp
タイトルCrystal structure of enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / fatty acids metabolism / Crotonase/Enoyl-Coenzyme A (CoA) hydratase superfamily / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8621
ポリマ－27,8621
非ポリマー00
水3,873215
1
A: Enoyl-CoA hydratase

A: Enoyl-CoA hydratase

A: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5863
ポリマ－83,5863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8930 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area30220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.476, 121.476, 121.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase / Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)


分子量: 27861.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: echA1, Rv0222, LH57_01220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96404, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5 25% (w/v) PEG 3350
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.632 Å / Num. obs: 40251 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.632 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.86 / 位相誤差: 17.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 2025 5.03 %
Rwork0.1534 --
obs0.1549 40251 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 0 216 2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8992592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.982714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.84510.2237490.2466913X-RAY DIFFRACTION25
1.8451-1.8950.2874720.2021403X-RAY DIFFRACTION38
1.895-1.95070.2102940.18131854X-RAY DIFFRACTION50
1.9507-2.01370.19381370.16642051X-RAY DIFFRACTION58
2.0137-2.08560.19251190.15722426X-RAY DIFFRACTION66
2.0856-2.16910.15641340.15472719X-RAY DIFFRACTION75
2.1691-2.26780.17281790.14963000X-RAY DIFFRACTION83
2.2678-2.38730.15091880.15173147X-RAY DIFFRACTION87
2.3873-2.53680.22931720.15773357X-RAY DIFFRACTION92
2.5368-2.73250.17741660.15723399X-RAY DIFFRACTION94
2.7325-3.00720.1951640.1613594X-RAY DIFFRACTION96
3.0072-3.44170.1851840.1523530X-RAY DIFFRACTION98
3.4417-4.33380.16371930.13553542X-RAY DIFFRACTION98
4.3338-28.63580.19491740.1533291X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50080.0503-0.0512.4504-0.78041.49790.08330.1840.0094-0.5604-0.182-0.26770.09380.14560.09310.24420.07430.05820.19760.03420.133844.41224.15782.3697
21.7503-0.8844-0.37341.1823-0.59440.8730.11210.07310.0512-0.1195-0.08620.036-0.0014-0.0138-0.03160.12060.01810.00210.12930.01220.097433.773729.509913.1327
31.22340.2928-0.49851.7488-0.25981.371-0.09960.1351-0.129-0.0991-0.02230.09030.2744-0.07390.11020.16450.0260.01530.1327-0.00690.129733.45948.225818.8783
43.2290.10011.11332.7337-0.93315.82490.02830.1113-0.01020.3557-0.0637-0.6369-0.1170.2240.02210.34110.03160.04250.14360.0240.299947.8323-2.013525.1027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 189 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 241 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 242 through 262 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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