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万見
- PDB-5kis: YenB/RHS2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kis
タイトルYenB/RHS2 complex
要素
  • RHS2
  • YenB
キーワードTOXIN / ABC toxin / RHS
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat ...Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Rhs repeat-associated core / : / Integrin alpha, N-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RHS2 / Toxin subunit YenB
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden FundUOA1406 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a new BC complex from Yersinia entomophaga
著者: Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YenB
B: RHS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,29910
ポリマ－274,0312
非ポリマー2688
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area85620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.607, 132.765, 155.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 YenB


分子量: 167420.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
遺伝子: yenB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A880
#2: タンパク質 RHS2


分子量: 106610.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
遺伝子: RHS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TC51*PLUS

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非ポリマー , 4種, 227分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 22% PEG 6000, 0.2 M TAPS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→32.51 Å / Num. obs: 113222 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 31.157 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Rsym value: 0.305 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.4434 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSOct 15, 2015データ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IGL

4igl


解像度: 2.4→32.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.252
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 5641 5 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2183 113222 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.77 Å2 / Biso mean: 45.0119 Å2 / Biso min: 14.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å2-1.23 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16566 0 8 219 16793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01917024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0215420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.94323229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.813335355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41952125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51723.903843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.066152592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.37415130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02119808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9894.4738488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9884.4728487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3746.69810596
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 441 -
Rwork0.355 7795 -
all-8236 -
obs--97.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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