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万見
- PDB-5kia: Crystal structure of L-threonine 3-dehydrogenase from Burkholderi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kia
タイトルCrystal structure of L-threonine 3-dehydrogenase from Burkholderia thailandensis
要素L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine catabolic process to glycine / L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine 3-dehydrogenase activity / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-threonine 3-dehydrogenase / : / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...L-threonine 3-dehydrogenase / : / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-threonine 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of L-threonine 3-dehydrogenase from Burkholderia thailandensis
著者: Abendroth, J. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6554
ポリマ－38,5091
非ポリマー1463
水2,846158
1
A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3108
ポリマ－77,0192
非ポリマー2916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.770, 91.770, 173.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

21A-654-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 L-threonine 3-dehydrogenase / TDH


分子量: 38509.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: tdh, BTH_II0006 / プラスミド: ButhA.10611.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T9E1, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG 1 screen A10, 28% PEG 400, 200mM CaCl2, 100mM HEPES/NaOH, ButhA.10611.b.B1.PS01804 at 20mg/ml + 2.5mM NAD; cryo: direct; tray 257666a10, puck xbm5-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.958 Å / Num. obs: 22085 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.208 % / Biso Wilson estimate: 33.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 25.79 / Num. measured all: 181263 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.158.3340.4624.68133421601160116010.9210.493100
2.15-2.218.3670.3595.9613120156815680.9480.382100
2.21-2.288.320.2927.2612638151915190.9660.312100
2.28-2.358.3060.2588.1512443149814980.9810.275100
2.35-2.428.3570.2119.8911909142714250.9820.22599.9
2.42-2.518.3490.17212.0711589138913880.9880.18499.9
2.51-2.68.3070.13314.8811198134813480.9920.142100
2.6-2.718.3180.1216.7110788129712970.9930.128100
2.71-2.838.3240.08522.3810263123312330.9970.091100
2.83-2.978.2780.07225.699975120612050.9980.07799.9
2.97-3.138.30.05631.959404113511330.9980.0699.8
3.13-3.328.240.04538.048916108210820.9990.048100
3.32-3.558.1880.03944.038278101110110.9990.041100
3.55-3.838.1170.03451.0378259649640.9990.037100
3.83-4.28.0810.03155.9771688878870.9990.033100
4.2-4.78.020.02860.6164168018000.9990.0399.9
4.7-5.427.8460.02759.4157127287280.9990.029100
5.42-6.647.7770.02959.347366096090.9990.031100
6.64-9.397.4780.02564.0237094974960.9990.02699.8
9.39-48.9586.2590.02361.9118343062930.9990.02595.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dq4

2dq4


解像度: 2.1→48.958 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 2027 9.19 %Random selection
Rwork0.1748 20032 --
obs0.1795 22059 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.48 Å2 / Biso mean: 46.729 Å2 / Biso min: 16.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 3 161 2646
Biso mean--52.95 44.49 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7713476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4611500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1001-2.15260.27921490.216713951544100
2.1526-2.21080.26921390.200214221561100
2.2108-2.27590.2711510.196613901541100
2.2759-2.34930.28171300.190114321562100
2.3493-2.43330.27191190.193714081527100
2.4333-2.53070.24791500.190214091559100
2.5307-2.64590.24141400.187114311571100
2.6459-2.78540.21041670.186813951562100
2.7854-2.95990.24651620.191114041566100
2.9599-3.18830.24641270.188614471574100
3.1883-3.50910.23461410.162414411582100
3.5091-4.01670.19561450.154414531598100
4.0167-5.05980.18571540.140414521606100
5.0598-48.97150.22371530.18661553170699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0363-0.46350.67992.3227-2.01733.0095-0.0590.0758-0.4139-0.45140.58070.8580.6579-0.8595-0.27310.4551-0.2024-0.02330.55160.06530.53090.949-21.4189-29.1557
21.9342-0.0974-0.93711.52280.19692.4885-0.10350.0292-0.2676-0.1343-0.00360.02980.3088-0.03110.08710.2502-0.0120.02530.16140.04410.22741.3295-23.8193-3.875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 140 )A0 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 141 through 341 )A141 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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