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万見
- PDB-5kh5: Crystal Structure of Steptococcus pneumoniae Undecaprenyl pyropho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kh5
タイトルCrystal Structure of Steptococcus pneumoniae Undecaprenyl pyrophosphate Synthase (UPPS) IN COMPLEX WITH ~{N}-(3-azanyl-3-oxidanylidene-propyl)-5-(1-benzothiophen-5-yl)-1-(phenylmethyl)-~{N}-[(4-propan-2-yloxyphenyl)methyl]pyrazole-4-carboxamide
要素Isoprenyl transferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / UPPS / native / bacterial / undecaprenyl S. pneumoniae / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6TC / Isoprenyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Concha, N.O.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of a Class of Pyrazole Inhibitors of Bacterial Undecaprenyl Pyrophosphate Synthase.
著者: Concha, N. / Huang, J. / Bai, X. / Benowitz, A. / Brady, P. / Grady, L.C. / Kryn, L.H. / Holmes, D. / Ingraham, K. / Jin, Q. / Pothier Kaushansky, L. / McCloskey, L. / Messer, J.A. / O'Keefe, ...著者: Concha, N. / Huang, J. / Bai, X. / Benowitz, A. / Brady, P. / Grady, L.C. / Kryn, L.H. / Holmes, D. / Ingraham, K. / Jin, Q. / Pothier Kaushansky, L. / McCloskey, L. / Messer, J.A. / O'Keefe, H. / Patel, A. / Satz, A.L. / Sinnamon, R.H. / Schneck, J. / Skinner, S.R. / Summerfield, J. / Taylor, A. / Taylor, J.D. / Evindar, G. / Stavenger, R.A.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoprenyl transferase
B: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3753
ポリマ－61,8222
非ポリマー5531
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.451, 117.911, 179.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Isoprenyl transferase


分子量: 30911.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: uppS, SP_0261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q97SR4, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-6TC / ~{N}-(3-azanyl-3-oxidanylidene-propyl)-5-(1-benzothiophen-5-yl)-1-(phenylmethyl)-~{N}-[(4-propan-2-yloxyphenyl)methyl]pyrazole-4-carboxamide


分子量: 552.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H32N4O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.12-0.24M sodium acetate. crystals were soaked overnight in mother liquor containing 5-10mM inhibitor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17199 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 30.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.63→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 27.98 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.653 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27421 979 5.1 %RANDOM
Rwork0.23994 ---
obs0.2417 18074 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.764 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.97 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.63→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 40 48 3634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8631.9734974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75435850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8155451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51425.207169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05215604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2291516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3211.52260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.031.5915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58923619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.47931402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7974.51355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.629→2.697 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 64 -
Rwork0.313 1240 -
obs--92.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95860.0108-0.22663.8962-0.33254.8807-0.02870.3349-0.0119-0.34150.1725-0.01240.9365-0.1925-0.14380.3271-0.11750.0370.11940.01350.2496-15.678-13.947-31.955
22.23921.3516-0.77544.104-2.55276.28940.3298-0.3026-0.0930.8204-0.3743-0.1068-1.0970.89340.04450.3374-0.2611-0.05250.24860.0410.2035-3.8989.124-16.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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