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- PDB-5kgr: Spin-Labeled T4 Lysozyme Construct I9V1/V131V1 (30 days) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kgr
タイトルSpin-Labeled T4 Lysozyme Construct I9V1/V131V1 (30 days)
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / Spin label / EPR / DEER
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / : / Chem-V1A / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 sensu lato (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.473 Å
データ登録者Balo, A.R. / Feyrer, H. / Ernst, O.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Toward Precise Interpretation of DEER-Based Distance Distributions: Insights from Structural Characterization of V1 Spin-Labeled Side Chains.
著者: Balo, A.R. / Feyrer, H. / Ernst, O.P.
履歴
登録2016年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年5月1日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3898
ポリマ－18,6221
非ポリマー7667
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.031, 60.031, 95.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 18622.359 Da / 分子数: 1 / 変異: I9C, C54T, C97A, V131C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 sensu lato (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-V1A / S-(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-imidazol-4-yl) methanesulfonothioate


分子量: 251.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15N2O3S2
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M sodium/potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 100 mM 1,2-hexanediol, 3% 2-propanol
PH範囲: 6.8-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→35.17 Å / Num. obs: 34344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.0487 / Net I/σ(I): 8.86
反射 シェル最高解像度: 1.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C6T

1c6t


解像度: 1.473→35.169 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 1982 5.77 %
Rwork0.166 --
obs0.1673 34344 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.473→35.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1306 0 14 275 1595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8051842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.047531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.473-1.50980.21151360.18072284X-RAY DIFFRACTION100
1.5098-1.55070.20291410.17372262X-RAY DIFFRACTION100
1.5507-1.59630.19141400.1632270X-RAY DIFFRACTION100
1.5963-1.64780.20941470.17012289X-RAY DIFFRACTION100
1.6478-1.70670.20771360.16422280X-RAY DIFFRACTION100
1.7067-1.7750.20561420.16562284X-RAY DIFFRACTION100
1.775-1.85580.18261370.16562290X-RAY DIFFRACTION100
1.8558-1.95360.22691390.16842297X-RAY DIFFRACTION100
1.9536-2.0760.1951430.15952314X-RAY DIFFRACTION100
2.076-2.23630.17071380.15982298X-RAY DIFFRACTION100
2.2363-2.46130.18151470.16422312X-RAY DIFFRACTION100
2.4613-2.81730.19871420.17812339X-RAY DIFFRACTION100
2.8173-3.5490.18631430.16352374X-RAY DIFFRACTION100
3.549-35.1790.1671510.16312469X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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