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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kg2 | ||||||
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タイトル | Human DNA polymerase eta-DNA ternary complex: reaction first with 1 mM Mn2+ for 1800s then with 5 mM Mn2+ for 60s at 37 degree | ||||||
![]() |
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![]() | replication / transferase/dna / in crystallo reaction / DNA polymerase / metal ion dependent catalysis / transferase-dna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / regulation of DNA repair / error-prone translesion synthesis / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / regulation of DNA repair / error-prone translesion synthesis / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, Y. / Yang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Capture of a third Mg2+ is essential for catalyzing DNA synthesis. 著者: Gao, Y. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 796.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 803.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5kfaC ![]() 5kfbC ![]() 5kfcC ![]() 5kfdC ![]() 5kfeC ![]() 5kffC ![]() 5kfgC ![]() 5kfhC ![]() 5kfiC ![]() 5kfjC ![]() 5kfkC ![]() 5kflC ![]() 5kfmC ![]() 5kfnC ![]() 5kfoC ![]() 5kfpC ![]() 5kfqC ![]() 5kfrC ![]() 5kfsC ![]() 5kftC ![]() 5kfuC ![]() 5kfvC ![]() 5kfwC ![]() 5kfxC ![]() 5kfyC ![]() 5kfzC ![]() 5kg0C ![]() 5kg1C ![]() 5kg3C ![]() 5kg4C ![]() 5kg5C ![]() 5kg6C ![]() 5kg7C ![]() 5l9xC ![]() 4ecqS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 3637.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2739.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 474分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-DTP / | #7: 化合物 | ChemComp-DPO / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 17% PEG 2000MME, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日 / 詳細: 4*4 mosiac | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal-liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 55228 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 25.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ECQ 解像度: 1.6→19.707 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.94
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.98 Å2 / Biso mean: 25.8716 Å2 / Biso min: 7.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→19.707 Å
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