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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kfg | ||||||
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タイトル | Human DNA polymerase eta-DNA ternary complex: reaction with 10 mM Mn2+ for 30s | ||||||
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![]() | replication / transferase/DNA / in crystallo reaction / DNA polymerase / metal ion dependent catalysis / transferase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, Y. / Yang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Capture of a third Mg2+ is essential for catalyzing DNA synthesis. 著者: Gao, Y. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5kfaC ![]() 5kfbC ![]() 5kfcC ![]() 5kfdC ![]() 5kfeC ![]() 5kffC ![]() 5kfhC ![]() 5kfiC ![]() 5kfjC ![]() 5kfkC ![]() 5kflC ![]() 5kfmC ![]() 5kfnC ![]() 5kfoC ![]() 5kfpC ![]() 5kfqC ![]() 5kfrC ![]() 5kfsC ![]() 5kftC ![]() 5kfuC ![]() 5kfvC ![]() 5kfwC ![]() 5kfxC ![]() 5kfyC ![]() 5kfzC ![]() 5kg0C ![]() 5kg1C ![]() 5kg2C ![]() 5kg3C ![]() 5kg4C ![]() 5kg5C ![]() 5kg6C ![]() 5kg7C ![]() 5l9xC ![]() 4ecqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 変異: R61A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 3637.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 6種, 445分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-DTP / | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 17% PEG 2000MME, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日 / 詳細: 4*4 mosiac | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal-liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→19.968 Å / Num. obs: 65402 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.668 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 24.18 / Num. measured all: 450906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 4ECQ 解像度: 1.55→19.968 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.75 Å2 / Biso mean: 22.4785 Å2 / Biso min: 6.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→19.968 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.5676 Å /
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