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- PDB-5kf4: Crystal structure of FN3 domain (Residues P368-P466) of Human col... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kf4
タイトルCrystal structure of FN3 domain (Residues P368-P466) of Human collagen XX
要素Collagen alpha-1(XX) chain
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / FN3 domain / Human collagen
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen chain trimerization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen trimer / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Thrombospondin N-terminal -like domains. / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily ...: / Thrombospondin N-terminal -like domains. / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(XX) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie, Y. / Cheng, Z. / Zhao, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81473114 中国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the second fibronectin type III (FN3) domain from human collagen alpha 1 type XX
著者: Zhao, J. / Ren, J. / Wang, N. / Cheng, Z. / Yang, R. / Lin, G. / Guo, Y. / Cai, D. / Xie, Y. / Zhao, X.
#1: ジャーナル: Protein Engineering, Design & Selection
年: 2012
タイトル: Design of novel FN3 domains with high stability by a consensus sequence approach
著者: Jacobs, S.A. / Diem, M.D. / Luo, J. / Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L. / ONeil, K.T.
履歴
登録2016年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha-1(XX) chain
B: Collagen alpha-1(XX) chain
C: Collagen alpha-1(XX) chain
D: Collagen alpha-1(XX) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9924
ポリマ－41,9924
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Collagen alpha-1(XX) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4981
ポリマ－10,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Collagen alpha-1(XX) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4981
ポリマ－10,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Collagen alpha-1(XX) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4981
ポリマ－10,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Collagen alpha-1(XX) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4981
ポリマ－10,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.476, 78.597, 81.989
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROPROPROchain AAA368 - 4662 - 100
2PROPROPROPROchain BBB368 - 4662 - 100
3ALAALATHRTHRchain CCC369 - 4643 - 98
4ALAALAALAALAchain DDD369 - 4653 - 99

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要素

#1: タンパク質
Collagen alpha-1(XX) chain


分子量: 10497.936 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 368-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: In vitro translation / 遺伝子: COL20A1, KIAA1510 / プラスミド: pCR2.1 TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P218
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80mM Magnesium Acetate, 50mM Sodium Cacodylate (pH6.5), 30%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射モノクロメーター: Zr filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.5 Å / Num. obs: 14950 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TES

3tes


解像度: 2.5→45.864 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4.45 / 位相誤差: 26.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 596 4.91 %
Rwork0.2576 --
obs0.2587 12128 92.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.91 Å2 / Biso mean: 32.7632 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→45.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2917 0 0 68 2985
Biso mean---26.77 -
残基数----391
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1755X-RAY DIFFRACTION14.671TORSIONAL
12B1755X-RAY DIFFRACTION14.671TORSIONAL
13C1755X-RAY DIFFRACTION14.671TORSIONAL
14D1755X-RAY DIFFRACTION14.671TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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