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- PDB-5kek: Structure Determination of a Self-Assembling DNA Crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kek
タイトルStructure Determination of a Self-Assembling DNA Crystal
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / Structural DNA Nanoechnology / self-assembled crystals / self-assembly
機能・相同性CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Endothia gyrosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.098 Å
データ登録者Simmons, C.R. / Birktoft, J.J. / Seeman, N.C. / Yan, H.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-1526650 米国
National Science Foundation (NSF, United States)EFRI-1332411 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-1526650 米国
Army Research OfficeW911NF-11-1-0024 米国
Office of Naval ResearchN000141110729 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
Gordon and Betty Moore FoundationGBMF3849 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Construction and Structure Determination of a Three-Dimensional DNA Crystal.
著者: Simmons, C.R. / Zhang, F. / Birktoft, J.J. / Qi, X. / Han, D. / Liu, Y. / Sha, R. / Abdallah, H.O. / Hernandez, C. / Ohayon, Y.P. / Seeman, N.C. / Yan, H.
履歴
登録2016年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0716
ポリマ－12,7974
非ポリマー2742
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.926, 67.926, 59.262
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6426.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*T)-3')


分子量: 2761.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2129.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: Triangular prisms
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM cacodylate pH 6.0, 20 mM MgCl2, 1.0 mM spermine, and 15% ethanol
Temp details: Crystals obtained using a temperature gradient from 333 K - 298 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 3030 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 74.9
反射 シェル最高解像度: 3.1 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.098→29.467 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 298 10.01 %
Rwork0.2045 --
obs0.2107 2976 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.098→29.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 853 2 0 855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3161465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d36.196404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0984-3.90220.31921350.25231281X-RAY DIFFRACTION95
3.9022-29.46820.24381630.18981397X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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