PDB-5ked: Structure of the 2.65 Angstrom P2(1) crystal of K. pneumonia MrkH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ked

タイトル

Structure of the 2.65 Angstrom P2(1) crystal of K. pneumonia MrkH

要素

Flagellar brake protein YcgR

キーワード

TRANSFERASE / MrkH / biofilm / K. pneumonia

機能・相同性

predicted glycosyltransferase like domains / Thrombin, subunit H / nucleotide binding / Beta Barrel / Mainly Beta / PilZ domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Schumacher, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be released: Structures of K. pneumonia MrkH: dual utilization of the PilZ fold for c-di-GMP and DNA binding by a novel activator of biofilm genes
著者: Schumacher, M.

履歴

登録	2016年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ked.cif.gz	388.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ked.ent.gz	323.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ked.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ked_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ked_full_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示
XML形式データ	5ked_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	5ked_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5ked ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5ked	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kgoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6koi-8 3byt-1 6koi-7 3byt-3 3hei-5 5kec-1 5q79-d 2zex-d 4xpc-d 5q7x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Flagellar brake protein YcgR

A: Flagellar brake protein YcgR

B: Flagellar brake protein YcgR

C: Flagellar brake protein YcgR

110 kDa, 4 ポリマー
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1

D: Flagellar brake protein YcgR

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Flagellar brake protein YcgR

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.5 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Flagellar brake protein YcgR

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根拠: gel filtration
27.5 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Flagellar brake protein YcgR

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.5 kDa, 1 ポリマー
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5

B: Flagellar brake protein YcgR

D: Flagellar brake protein YcgR

ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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6

A: Flagellar brake protein YcgR

C: Flagellar brake protein YcgR

ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.512, 207.826, 53.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer according to size exclusion chromatogrpahy

#1: タンパク質	Flagellar brake protein YcgR / Putative glycosyltransferase / Type 3 fimbriae transcription activator 分子量: 27530.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: mrkH, ycgR, AOT21_03001, PMK1_00755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FT00
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2 mM MgCl2, 2 mM CaCl2, 0.1 M sodium Hepes pH 7.5, 20% ethylene glycol and 10% PEG 8000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→103.913 Å / Num. obs: 27150 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 68.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KGO

5kgo

解像度: 2.65→45.482 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	2008	7.42 %
R_work	0.2308	-	-
obs	0.2341	27074	91.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 56.62 Å² / k_sol: 0.313 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.44 Å² / B_iso mean: 83.15 Å² / B_iso min: 30.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7565 Å²	0 Å²	-18.9254 Å²
2-	-	-16.5906 Å²	-0 Å²
3-	-	-	15.8341 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→45.482 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7558	0	0	37	7595
B_iso mean	-	-	-	57.92	-
残基数	-	-	-	-	914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7692
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.626	10316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1320
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.718	2952

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.65-2.7447	0.43	147	0.3504	1721	1868	64
2.7447-2.8546	0.3111	167	0.3065	2272	2439	82
2.8546-2.9845	0.3704	183	0.317	2455	2638	89
2.9845-3.1418	0.406	211	0.3073	2538	2749	94
3.1418-3.3386	0.3524	203	0.2953	2645	2848	97
3.3386-3.5962	0.3472	225	0.2714	2682	2907	98
3.5962-3.958	0.2731	231	0.2411	2630	2861	99
3.958-4.5302	0.2406	198	0.185	2739	2937	99
4.5302-5.7059	0.2269	218	0.1923	2713	2931	99
5.7059-45.4884	0.2271	225	0.2065	2671	2896	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0003	-0.2226	0.0074	-0.2771	0.129	0.1607	-0.2303	-0.1968	0.0258	0.0557	0.1182	-0.1745	0.2192	-0.0826	0	0.4269	0.002	0.0407	0.2777	-0.1074	0.2195	21.2112	-21.9405	-18.5395
2	0.1899	-0.0065	-0.5037	1.21	1.9156	1.3667	0.1644	-0.064	0.2964	0.0042	0.1509	-0.0209	0.5777	0.4407	0	0.3579	0.1386	-0.2035	0.3125	-0.0758	0.2689	15.4392	-9.3066	-11.8522
3	0.8319	0.4545	0.0768	1.2486	-0.4545	0.5772	0.2871	0.2222	-0.4605	0.0012	-0.6154	0.398	-0.4245	-0.0394	-0	0.2941	0.2417	-0.1052	0.4628	-0.2311	0.519	42.2678	21.3402	-1.9824
4	1.2229	-1.3563	-0.0018	0.8484	-1.3047	0.9851	0.2771	-0.3087	-0.1103	-0.3726	-0.0356	0.245	-0.1679	-0.1492	-0	0.4217	0.1277	0.002	0.3582	-0.0414	0.3888	33.5444	45.3922	9.6648
5	-0.1356	0.3472	0.1055	0.584	-0.6424	0.1509	-0.1168	0.0457	-0.1148	-0.3561	-0.3706	0.1924	-0.258	-0.2812	0	0.3798	0.1215	-0.1358	0.3721	-0.3039	0.3224	32.2117	-10.0807	14.809
6	0.796	0.6054	0.5025	1.27	1.5554	1.7858	-0.256	0.0794	-0.1652	-0.2793	-0.214	0.4995	-0.1227	0.0519	0	0.3129	0.0177	-0.025	0.3396	-0.1457	0.3917	37.1596	-29.1538	4.7528
7	0.8985	0.8801	0.2943	-0.3812	-0.2669	1.6129	0.2057	-0.1034	-0.0051	0.0239	-0.4452	-0.3375	-0.3502	-0.2391	0	0.5467	0.1284	0.1203	0.2369	0.0489	0.4151	4.9318	44.3488	6.8527
8	0.3136	-0.3113	0.7958	1.147	1.1256	2.5318	0.2034	0.1364	-0.0213	0.0529	0.3077	-0.1862	0.0246	0.2528	0	0.2141	0.1037	0.0418	0.4731	-0.1179	0.4681	10.1203	22.6107	0.496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:178)	A	0 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 179:234)	A	179 - 234
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 5:114)	B	5 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 115:234)	B	115 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 5:68)	C	5 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 69:234)	C	69 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 0:67)	D	0 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 68:234)	D	68 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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