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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kdz | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the T252A mutant of CYP199A4 in complex with 4-methoxybenzoate | ||||||
![]() | Cytochrome P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P450 | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the T252A mutant of CYP199A4 in complex with 4-methoxybenzoate 著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4do1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42868.633 Da / 分子数: 1 / 変異: T253A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: 0.2M Magnesium acetate PEG 3350, 23% w/v 0.1M Bis-Tris, pH 5.25 PH範囲: 5.25 - 6 / Temp details: 16 degrees C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.424→79.45 Å / Num. obs: 62253 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.424→1.45 Å / 冗長度: 4.1 % / % possible all: 79.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB: 4DO1 解像度: 1.424→25.308 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.11
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.76 Å2 / Biso mean: 10.6767 Å2 / Biso min: 1.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.424→25.308 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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