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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kdb | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 4-isopropylbenzoate-bound CYP199A4 | ||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 / Substrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.644 Å | ||||||
データ登録者 | Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of 4-isopropylbenzoate-bound CYP199A4 著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kdb.cif.gz | 170.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kdb.ent.gz | 132 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kdb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5kdb_validation.pdf.gz | 785.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5kdb_full_validation.pdf.gz | 786.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5kdb_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5kdb_validation.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4do1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2) (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-4IA / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % / 解説: Rectangular plates, good thickness. |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Magnesium acetate PEG 3350 - 23% w/v 0.1M Bis-Tris, pH 5.5 PH範囲: 5.25 - 6 / Temp details: 16 degrees C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.64→44.29 Å / Num. obs: 43487 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 13.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 10.2 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB: 4DO1 解像度: 1.644→43.154 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.65
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.57 Å2 / Biso mean: 18.1195 Å2 / Biso min: 5.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.644→43.154 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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