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- PDB-5kd1: Sperm whale myoglobin H64A with nitrosoamphetamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kd1
タイトルSperm whale myoglobin H64A with nitrosoamphetamine
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / heme / myoglobin / nitrosoalkane / nitrosoamphetamine / 2-nitroso-1-phenylpropane / N-hydroxyamphetamine / C-nitroso
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
[(2R)-2-nitrosopropyl]benzene / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
Model detailsThis stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale ...This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale myoglobin ferric H64A and N-hydroxyamphetamine.
データ登録者Wang, B. / Guan, Y. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1213674 米国
引用ジャーナル: Nitric Oxide / 年: 2017
タイトル: Nitrosoamphetamine binding to myoglobin and hemoglobin: Crystal structure of the H64A myoglobin-nitrosoamphetamine adduct.
著者: Wang, B. / Powell, S.M. / Guan, Y. / Xu, N. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,77712
ポリマ－17,1671
非ポリマー1,61011
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Myoglobin
ヘテロ分子

A: Myoglobin
ヘテロ分子

A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,33236
ポリマ－51,5013
非ポリマー4,83133
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.500, 90.500, 45.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

SO4

21A-203-

SO4

31A-472-

HOH

41A-477-

HOH

詳細monomer according to gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17166.898 Da / 分子数: 1 / 変異: H65A, D122N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ALA A 64 UNP P02185 HIS 65 ENGINEERED MUTATION ASN A 122 UNP P02185 ASP 123 VARIANT
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185

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非ポリマー , 5種, 203分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-3QM / [(2R)-2-nitrosopropyl]benzene / 2-nitroso-1-phenylpropane


分子量: 149.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化温度: 296 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 9 2.3 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.65 Å / Num. obs: 23468 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
CrystalClearデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MBW

2mbw


解像度: 1.7→29.36 Å / SU B: 1.329 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 1206 5.1 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.149 22261 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1211 0 105 192 1508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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