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- PDB-5kbf: cAMP bound PfPKA-R (141-441) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbf
タイトルcAMP bound PfPKA-R (141-441)
要素CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, putative
キーワードTRANSFERASE / Plasmodium falciparum / PKA / protein kinase A / cAMP / CBD / cyclic nucleotide binding / CNB / regulatory domain / R
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase regulator activity / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Littler, D.R. / Gilson, P.R. / Crabb, B.S. / Rossjohn, J.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Disrupting the Allosteric Interaction between the Plasmodium falciparum cAMP-dependent Kinase and Its Regulatory Subunit.
著者: Littler, D.R. / Bullen, H.E. / Harvey, K.L. / Beddoe, T. / Crabb, B.S. / Rossjohn, J. / Gilson, P.R.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references / Other
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, putative
B: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6146
ポリマ－69,2982
非ポリマー1,3174
水64936
1
A: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3073
ポリマ－34,6491
非ポリマー6582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3073
ポリマ－34,6491
非ポリマー6582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.726, 103.797, 104.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, putative / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit


分子量: 34648.785 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 144-441 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PKAr, PF3D7_1223100, PFL1110c / プラスミド: PET28 / 詳細 (発現宿主): hexahis / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q7KQK0, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein at 12 mg/mL were set in a 1:1 ratio against a reservoir consisting of 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.1M NaF and 0.1M 1,3-bispropane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.458 Å / Num. obs: 58452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8419 / Rpim(I) all: 0.555 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K8S

5k8s


解像度: 2→46.458 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DUE TO N-TERMINAL DISORDER THE IDENTITY OF RESIDUES SER-149, VAL-150, SER-151, ALA-152 IS ONLY TENTATIVE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 2951 5.06 %
Rwork0.2454 --
obs0.2474 58355 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4535 0 88 36 4659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2566340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7091792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03280.37761400.35962624X-RAY DIFFRACTION100
2.0328-2.06790.3621450.35052579X-RAY DIFFRACTION100
2.0679-2.10550.33651330.32572593X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.1460.30781280.30962605X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.18980.36071230.30922643X-RAY DIFFRACTION100
2.1898-2.23740.32571430.29382582X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.28940.32261300.2892646X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.34670.30011380.2852604X-RAY DIFFRACTION100
2.3467-2.41010.32591500.27282610X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.4810.3191360.28042627X-RAY DIFFRACTION100
2.481-2.56110.34931480.28472613X-RAY DIFFRACTION100
2.5611-2.65260.31041490.28292617X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-2.75880.33341480.27122602X-RAY DIFFRACTION100
2.7588-2.88440.30191470.27672641X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-3.03640.31361470.27572636X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.22660.28381460.27822622X-RAY DIFFRACTION100
3.2266-3.47570.33651490.24852648X-RAY DIFFRACTION100
3.4757-3.82530.24821400.22532650X-RAY DIFFRACTION100
3.8253-4.37840.2631310.19842713X-RAY DIFFRACTION100
4.3784-5.5150.20561370.20082712X-RAY DIFFRACTION100
5.515-46.4710.2851430.22362837X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23771.18140.97277.0288-2.74225.51930.07310.35020.0944-0.2485-0.6089-0.5505-0.23910.44960.29120.33330.129-0.03290.32120.12580.404480.013367.6988101.4679
22.9433-3.59481.07698.6017-4.41773.4570.55740.8540.3279-0.5622-0.7018-0.5470.31660.65770.20990.4730.17470.07840.50640.20280.482773.091380.279286.7162
34.5513-2.57750.51788.3715-1.80623.1484-0.0944-0.31760.09140.63450.54280.2535-0.16830.046-0.22570.3530.07650.11830.41180.21170.358661.452396.513990.0731
45.30962.297-1.0395.1813-2.03976.6008-0.1762-0.4439-0.5475-0.2824-0.8129-0.65120.31540.88050.54190.43210.18740.03020.60370.3650.572940.924616.177849.4848
53.7849-3.58050.8897.7837-3.45541.9698-0.2864-0.8728-0.30390.2360.77650.05090.0602-0.3171-0.07290.36910.03480.11940.73910.35250.469225.376539.757636.7109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 149 through 291 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 292 through 331 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 332 through 441 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 149 through 291 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 292 through 441 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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