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万見
- PDB-5kbe: CRYSTAL STRUCTURE OF THE AROMATIC SENSOR DOMAIN OF MOPR IN COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbe
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE AROMATIC SENSOR DOMAIN OF MOPR IN COMPLEX WITH PHENOL
要素MopR
キーワードTRANSCRIPTION / AROMATIC SENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Activator of aromatic catabolism / Activator of aromatic catabolism / 4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. ...Activator of aromatic catabolism / Activator of aromatic catabolism / 4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENOL / Phenol regulator MopR
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ray, S. / Anand, R. / Panjikar, S.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Selective Aromatic Pollutant Sensing by the Effector Binding Domain of MopR, an NtrC Family Transcriptional Regulator.
著者: Ray, S. / Gunzburg, M.J. / Wilce, M. / Panjikar, S. / Anand, R.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MopR
B: MopR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0936
ポリマ－52,7742
非ポリマー3194
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.178, 93.064, 119.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9247, -0.3765, 0.05664), (-0.3807, 0.9135, -0.1433), (0.00221, -0.1541, -0.9881)
ベクター: 53.1, 10.66, 8.573)

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要素

#1: タンパク質 MopR


分子量: 26387.182 Da / 分子数: 2 / 断片: SENSOR DOMAIN, RESIDUES 1-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
遺伝子: mopR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q43965
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 M LISO4, 12% W/V PEG 6000, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE (PH 5.6)
PH範囲: 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月11日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 18123 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.13 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 7.21 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.141 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.271 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24432 923 5.1 %RANDOM
Rwork0.18209 ---
obs0.18519 17168 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 16 31 3254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9354460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9185403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84324.379169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.01515550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1151518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 60 -
Rwork0.299 1094 -
obs--99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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