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- PDB-5kb5: Crystal structure of the adenosine kinase from Mus musculus in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kb5
タイトルCrystal structure of the adenosine kinase from Mus musculus in complex with adenosine and adenosine-diphosphate
要素Adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE / adenosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


dATP biosynthetic process / Purine salvage / Ribavirin ADME / adenosine kinase / adenosine kinase activity / dAMP salvage / deoxyadenosine kinase activity / adenosine metabolic process / GMP salvage / type B pancreatic cell proliferation ...dATP biosynthetic process / Purine salvage / Ribavirin ADME / adenosine kinase / adenosine kinase activity / dAMP salvage / deoxyadenosine kinase activity / adenosine metabolic process / GMP salvage / type B pancreatic cell proliferation / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / purine nucleobase metabolic process / positive regulation of T cell proliferation / phosphorylation / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Oliveira, R.R. / Neto, R.M. / Polo, C.C. / Tonoli, C.C.C. / Murakami, M.T. / Franchini, K.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the adenosine kinase from Mus musculus in complex with adenosine and adenosine-diphosphate
著者: Oliveira, R.R. / Neto, R.M. / Polo, C.C. / Tonoli, C.C.C. / Murakami, M.T. / Franchini, K.G.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,02911
ポリマ－40,6331
非ポリマー1,39610
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.264, 73.559, 84.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine kinase / AK / Adenosine 5'-phosphotransferase


分子量: 40632.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55264, adenosine kinase

-
非ポリマー , 8種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG400 15% PEG1000 0.15M Sodium di-potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 28540 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.834.20.732198.8
1.83-1.864.30.586198.3
1.86-1.94.30.499198
1.9-1.944.30.424198.3
1.94-1.984.30.366199.2
1.98-2.034.30.305198.5
2.03-2.084.30.269198
2.08-2.134.20.248197.6
2.13-2.24.20.215197
2.2-2.274.10.19196.9
2.27-2.354.10.174196.6
2.35-2.444.10.166196.3
2.44-2.554.10.146195.9
2.55-2.6940.135195.6
2.69-2.863.90.127196
2.86-3.083.80.102196.8
3.08-3.3940.073197.2
3.39-3.884.20.05198.9
3.88-4.884.30.04199.9
4.88-5040.035198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BX4

1bx4


解像度: 1.8→24.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.081 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 1450 5.1 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
obs0.1673 27048 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.13 Å2 / Biso mean: 24.216 Å2 / Biso min: 12.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 86 131 2896
Biso mean--26.91 29.56 -
残基数----341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8491.983820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05336171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7055344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.76824.924132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66115474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.0881367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6861.0871366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0981.6281708
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 102 -
Rwork0.237 1947 -
all-2049 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7075-0.3408-0.37931.04470.83853.24440.0080.0194-0.11630.0240.01370.03710.184-0.169-0.02180.1029-0.0204-0.00270.073-0.01570.082149.8613153.9417189.8536
23.12160.08620.8033.69432.28333.5763-0.05310.73540.2812-0.7006-0.0892-0.0363-0.49120.15070.14230.21170.01640.0040.23760.07360.031155.2104162.1326168.1717
31.7332-0.2396-0.09391.1553-0.40261.36590.00120.0872-0.1877-0.02670.03050.13530.1629-0.1474-0.03170.0881-0.0118-0.00480.0624-0.00880.0389145.939150.5915189.1792
415.6767-2.5552-6.8092.4861.28685.44190.20170.65490.5359-0.1258-0.0249-0.0214-0.1001-0.3851-0.17670.1394-0.0154-0.02160.11030.02080.0392148.7371159.8708178.0317
52.5236-0.1146-1.12760.97510.16753.16610.014-0.08980.19090.09850.05580.121-0.0102-0.2859-0.06980.0897-0.00330.00020.0675-0.01210.0707144.0062162.2916195.7566
61.8459-0.1467-0.18031.14890.01931.10120.0273-0.04260.31310.0070.0279-0.1145-0.08350.0491-0.05520.0959-0.0005-0.0080.0618-0.01510.0761161.5654166.6481194.7996
73.5520.1574-1.40894.23410.87085.78960.0455-0.61790.1820.29470.0645-0.29620.10170.3487-0.110.07730.0149-0.06440.1372-0.05010.0693167.2617165.0726204.9981
85.39220.03521.12813.5717-0.142.12930.08230.2013-0.1744-0.04680.0047-0.49150.19480.2347-0.0870.07070.03330.01430.0914-0.00340.0978171.7133151.476187.4178
92.4111-0.07820.13151.23230.17632.00860.0045-0.0462-0.25630.03310.02190.01950.13760.0163-0.02640.11840.01980.00020.06840.00470.0639161.7579145.7409191.3056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3A76 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4A130 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5A149 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6A180 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7A263 - 278
8X-RAY DIFFRACTION8A279 - 313
9X-RAY DIFFRACTION9A314 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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