[日本語] English
万見
- PDB-5kay: Structure of Spelter bound to Zn2+ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kay
タイトルStructure of Spelter bound to Zn2+
要素Spelter
キーワードDE NOVO PROTEIN / Metalloprotein / designed protein
機能・相同性f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guffy, S.L. / Der, B.S. / Kuhlman, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117968 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-1403663 米国
引用
ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2016
タイトル: Probing the minimal determinants of zinc binding with computational protein design.
著者: Guffy, S.L. / Der, B.S. / Kuhlman, B.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Combined computational design of a zinc-binding site and a protein-protein interaction: one open zinc coordination site was not a robust hotspot for de novo ubiquitin binding.
著者: Der, B.S. / Jha, R.K. / Lewis, S.M. / Thompson, P.M. / Guntas, G. / Kuhlman, B.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spelter
B: Spelter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5896
ポリマ－43,4122
非ポリマー1774
水2,954164
1
A: Spelter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7943
ポリマ－21,7061
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spelter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7943
ポリマ－21,7061
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.714, 41.496, 61.506
Angle α, β, γ (deg.)87.270, 83.090, 79.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Spelter


分子量: 21706.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pQE-80L
詳細 (発現宿主): N-terminal MBP+6-His tag with TEV cleavage site; Ampicillin resistance
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 26% PEG3350 0.22 M sodium iodide 10 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 228 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.79 Å / Num. obs: 37095 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.823.30.9711.9194
1.82-1.833.30.9382195.4
1.83-1.853.40.8292.3194.8
1.85-1.863.50.92.4196.1
1.86-1.883.60.7742.7195.4
1.88-1.93.70.763195.9
1.9-1.923.80.63.7196.8
1.92-1.943.80.5784195.5
1.94-1.963.90.4894.7197
1.96-1.983.90.4445.1196
1.98-23.90.4155.7196.3
2-2.033.90.4215.8196.8
2.03-2.053.90.3646.6196.3
2.05-2.083.90.2978.1196.9
2.08-2.113.90.2818.5196.4
2.11-2.133.90.2539.5196.9
2.13-2.163.90.2489.6196.8
2.16-2.23.90.21510.8197.2
2.2-2.233.90.19612197.3
2.23-2.273.90.18113.3196.9
2.27-2.313.90.16614.4197.7
2.31-2.353.90.15214.7197
2.35-2.393.90.13816.5197.6
2.39-2.443.90.13317.5197.8
2.44-2.53.90.12518.7197.4
2.5-2.553.90.11420198.1
2.55-2.623.90.10721.4197.9
2.62-2.693.90.10521.7197.8
2.69-2.773.90.09523.5198.1
2.77-2.863.90.08825198.1
2.86-2.963.90.07929.5198.2
2.96-3.083.90.07431.4198.2
3.08-3.223.90.06732.9198.6
3.22-3.393.90.06238.1198.6
3.39-3.63.90.05640.7198.5
3.6-3.883.90.05144.2198.9
3.88-4.273.90.04845.5199
4.27-4.883.80.04846.2199.2
4.88-6.153.80.05244.2199.4
6.15-40.793.80.04250.2199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACrefmac_5.8.0135精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→40.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Matrix type: sparse / SU B: 2.576 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1818 5.1 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1948 33820 79.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.89 Å2 / Biso mean: 25.249 Å2 / Biso min: 6.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→40.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 0 4 164 3183
Biso mean--34 27.82 -
残基数----401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0291.9494169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465.025404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.61226140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37815507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4692.3071606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4183.442005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.012.6791462

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る