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Yorodumi- PDB-5kaq: Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 31... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kaq | ||||||
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Title | Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 31.a.83 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968. | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Influenza / multidonor / H5 / universal influenza vaccine | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.514 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Thomas, P.V. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2016 Title: Vaccine-Induced Antibodies that Neutralize Group 1 and Group 2 Influenza A Viruses. Authors: Joyce, M.G. / Wheatley, A.K. / Thomas, P.V. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Kong, W.P. / Leung, K. / Narpala, S.N. / ...Authors: Joyce, M.G. / Wheatley, A.K. / Thomas, P.V. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Kong, W.P. / Leung, K. / Narpala, S.N. / Prabhakaran, M.S. / Yang, E.S. / Zhang, B. / Zhang, Y. / Asokan, M. / Boyington, J.C. / Bylund, T. / Darko, S. / Lees, C.R. / Ransier, A. / Shen, C.H. / Wang, L. / Whittle, J.R. / Wu, X. / Yassine, H.M. / Santos, C. / Matsuoka, Y. / Tsybovsky, Y. / Baxa, U. / Mullikin, J.C. / Subbarao, K. / Douek, D.C. / Graham, B.S. / Koup, R.A. / Ledgerwood, J.E. / Roederer, M. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kaq.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kaq.ent.gz | 952.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kaq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5kaq_validation.pdf.gz | 533 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5kaq_full_validation.pdf.gz | 579.3 KB | Display | |
Data in XML | 5kaq_validation.xml.gz | 106.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5kaq_validation.cif.gz | 136.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kaq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57327.969 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Hong Kong/1-4-MA21-1/1968(H3N2)) Strain: A/Hong Kong/1-4-MA21-1/1968(H3N2) / Gene: HA / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: E1AFM4 #2: Antibody | Mass: 25111.006 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 23512.111 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #4: Sugar | ChemComp-NAG / Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.78 Å3/Da / Density % sol: 77.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: .1M Tris, pH 8.5, 5.0% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) PEG-300, and 10% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 58736 / % possible obs: 79 % / Redundancy: 2.1 % / Net I/σ(I): 13 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.514→41.88 Å / SU ML: 0.57 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 35.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.514→41.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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