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- PDB-5k9z: Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9z
タイトルCrystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400
要素Putative short-chain dehydrogenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase/reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性情報
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1059
ポリマ－116,6444
非ポリマー4605
水9,458525
1
A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5995
ポリマ－58,3222
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
2
B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5064
ポリマ－58,3222
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19340 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.290, 54.760, 115.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...
21(chain B and ((resid 11 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 11 and (name N or name...
41(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...A11 - 48
121(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...A49
131(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...A11 - 300
141(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...A11 - 300
151(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...A11 - 300
161(chain A and (resid 11:48 or (resid 49 and (name...A11 - 300
211(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B11
221(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B10 - 300
231(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B10 - 300
241(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B10 - 300
251(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B10 - 300
311(chain C and ((resid 11 and (name N or name...C11
321(chain C and ((resid 11 and (name N or name...C10 - 300
331(chain C and ((resid 11 and (name N or name...C10 - 300
341(chain C and ((resid 11 and (name N or name...C10 - 300
351(chain C and ((resid 11 and (name N or name...C10 - 300
411(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D11 - 49
421(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D51 - 56
431(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D58 - 87
441(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D89 - 106
451(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D108 - 162
461(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D164 - 168
471(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D170 - 188
481(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D190 - 193
491(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D217 - 225
4101(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D227 - 258
4111(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D261
4121(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D265 - 267
4131(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D269 - 272
4141(chain D and (resid 11:49 or resid 51:56 or resid...D274 - 275

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要素

#1: タンパク質
Putative short-chain dehydrogenase/reductase / BuxeA.00010.p.B1


分子量: 29161.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13HC1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus h11 (270147h11): 10% Peg 4000, 20% glycerol, 0.02M amino acid (0.2 M sodium l-glutamate, 0.2 M dl-alanine, 0.2 M glycine, 0.2 M dl-lysine HCl, 0.2 M dl-serine), 0.1M bicine/trizma ph ...詳細: Morpheus h11 (270147h11): 10% Peg 4000, 20% glycerol, 0.02M amino acid (0.2 M sodium l-glutamate, 0.2 M dl-alanine, 0.2 M glycine, 0.2 M dl-lysine HCl, 0.2 M dl-serine), 0.1M bicine/trizma ph 8.5; cryo: direct; BuxeA.00010.p.B1.ps37825 at 18.15 mg/ml, puck sbt3-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 71539 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.62
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.5083.14198.2
2.05-2.110.4153.8198.3
2.11-2.170.3344.53198.3
2.17-2.240.2775.47198.5
2.24-2.310.2436.04198.5
2.31-2.390.2057198.8
2.39-2.480.197.62198.6
2.48-2.580.1598.76199.1
2.58-2.70.1419.76198.6
2.7-2.830.11211.77199.3
2.83-2.980.08814.17199.1
2.98-3.160.07516.61199.4
3.16-3.380.06119.79199.5
3.38-3.650.05123.63199.2
3.65-40.04326.93199.5
4-4.470.0428.78199.2
4.47-5.160.03730.42199
5.16-6.320.03927.23199.8
6.32-8.940.03232.43199.1
8.94-500.0334.67197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2386精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nff

1nff


解像度: 2→44.173 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 1981 2.77 %
Rwork0.166 --
obs0.1669 71532 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.36 Å2 / Biso mean: 28.7699 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7160 0 30 538 7728
Biso mean--50.34 33.12 -
残基数----1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77810106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6224385
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3750X-RAY DIFFRACTION8.145TORSIONAL
12B3750X-RAY DIFFRACTION8.145TORSIONAL
13C3750X-RAY DIFFRACTION8.145TORSIONAL
14D3750X-RAY DIFFRACTION8.145TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.29441240.22014907503198
2.05-2.10550.25131390.20684907504698
2.1055-2.16740.22811590.19234878503798
2.1674-2.23740.2111380.18084899503798
2.2374-2.31730.24481570.17844925508298
2.3173-2.41010.221490.17124937508699
2.4101-2.51980.19791190.17074941506099
2.5198-2.65260.22991360.1784934507099
2.6526-2.81880.20351350.17494963509899
2.8188-3.03640.19171600.16825007516799
3.0364-3.34180.22631370.16474998513599
3.3418-3.82520.18361540.14665000515499
3.8252-4.81840.15851420.13675061520399
4.8184-44.1840.1641320.16185194532699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.748-0.76830.90392.4041-0.7252.24280.03440.1092-0.2214-0.03970.00140.39140.202-0.6911-0.02530.1278-0.0638-0.03370.4050.00270.3001-39.0742-10.95477.4195
21.2244-0.27530.11671.2454-0.18851.3375-0.00060.1061-0.0773-0.09430.04090.23940.0721-0.2416-0.04040.1339-0.0298-0.00820.16080.00740.1393-23.044-7.6137.3511
35.02551.0677-1.57193.59020.49375.2262-0.0789-0.3633-0.60140.4855-0.05090.02210.4548-0.45780.04460.1899-0.04190.01920.23370.04180.1803-31.5302-7.477521.0713
42.70682.1928-1.5872.54640.55865.3994-0.05540.07030.1453-0.0499-0.02260.08960.1418-0.19040.09250.09930.00270.04880.17890.01610.1431-27.9355-0.318323.1235
53.92470.1722-0.13784.5129-2.60257.50150.07820.0465-0.1163-0.17270.0614-0.2650.6546-0.2196-0.12650.31870.05710.10860.17390.06960.1994-18.7015-7.674350.7214
63.4619-0.1410.49115.2199-1.11255.711-0.0387-0.13830.2318-0.0540.1216-0.4768-0.18020.6632-0.02140.1485-0.01780.0380.2155-0.0890.194415.3846-5.017415.185
71.0761-0.42340.19711.1467-0.25560.9487-0.06730.0353-0.01860.05360.0756-0.04870.05750.0897-0.00950.1788-0.00310.0210.1122-0.01660.1051-0.3564-9.500112.5178
82.46230.54530.11020.12250.03760.0744-0.05180.44110.4617-0.80510.18990.04570.16340.0398-0.06730.4308-0.02720.06360.21550.01630.21050.9333.886812.9946
91.6662-0.4005-0.39951.48510.67781.24730.00660.10220.2864-0.07460.1728-0.1301-0.41380.0657-0.1670.3549-0.02190.05340.146-0.0120.1617-1.41219.75425.0709
104.30431.6787-1.42546.4679-0.8537.2082-0.10310.1334-0.28810.01410.122-0.54810.12940.6854-0.00350.23610.0492-0.00010.2274-0.07110.13899.61635.223343.8511
116.51251.8131-1.81434.8993-1.61118.28680.0713-0.61-0.25790.647-0.0946-0.30540.03290.74340.01320.32960.0436-0.0170.2161-0.03820.19139.22345.775254.3659
120.82170.25670.0460.75670.14560.7525-0.0156-0.04330.0080.04610.0663-0.0379-0.11030.0445-0.05010.2770.01740.05640.123-0.00430.1166-6.26159.919345.084
131.1308-0.23480.4270.1084-0.44052.29420.0175-0.322-0.37780.4670.1290.16750.348-0.0095-0.15090.50010.09590.080.28330.06050.2694-3.8924-7.442345.3854
141.8221-0.00720.74611.82880.69512.0196-0.0662-0.0629-0.13730.12390.1736-0.09630.17070.0626-0.09090.24970.02780.04910.114-0.01960.11280.913-2.17934.123
151.12390.6607-0.6384.48143.10135.54180.2721-0.1052-0.32430.53290.06580.05521.025-0.226-0.27430.5518-0.00580.06140.19120.04350.343-13.1942-23.365220.9183
163.47211.8811-0.58634.9498-0.57825.62440.09810.22550.0182-0.24570.04220.4992-0.112-1.1464-0.11940.17590.09590.03860.47910.01750.3139-43.09157.479433.1413
171.10640.3155-0.0921.45460.10981.3650.0044-0.00560.12390.11080.02110.3537-0.1534-0.4051-0.01050.24160.07280.0750.24680.02210.2039-31.7948.968641.549
183.8552-0.15891.50284.5975-0.01914.6035-0.15030.41080.4943-0.5582-0.0855-0.0956-0.3937-0.18110.17440.22410.07720.04840.2620.04270.1915-32.53547.889626.1577
194.1412-1.1449-0.68574.905-0.91035.9412-0.1253-0.0478-0.15910.06090.02940.0048-0.0562-0.26150.10020.12270.0281-0.0030.1685-0.00290.0713-28.37690.724825.4827
208.96660.514-0.46647.23791.64568.1334-0.05740.17610.15770.5939-0.0611-0.19160.0666-0.1830.120.2535-0.0672-0.01160.10480.08050.1233-9.67217.24762.4942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 58 )A11 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 182 )A59 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 183 through 236 )A183 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 237 through 258 )A237 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 259 through 276 )A259 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 58 )B10 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 59 through 182 )B59 - 182
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 183 through 204 )B183 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 205 through 275 )B205 - 275
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 10 through 37 )C10 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 38 through 58 )C38 - 58
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 59 through 182 )C59 - 182
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 183 through 216 )C183 - 216
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 217 through 257 )C217 - 257
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 258 through 275 )C258 - 275
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 10 through 37 )D10 - 37
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 38 through 182 )D38 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 183 through 236 )D183 - 236
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 237 through 258 )D237 - 258
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 259 through 277 )D259 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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