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- PDB-5k9h: Crystal structure of a glycoside hydrolase 29 family member from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9h
タイトルCrystal structure of a glycoside hydrolase 29 family member from an unknown rumen bacterium
要素0940_GH29
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / beta sandwich / dual carbohydrate binding modules
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / 0940_gh29
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.029 Å
データ登録者Summers, E.L. / Arcus, V.L.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
New Economy Research Fund Project ニュージーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: The structure of a glycoside hydrolase 29 family member from a rumen bacterium reveals unique, dual carbohydrate-binding domains.
著者: Summers, E.L. / Moon, C.D. / Atua, R. / Arcus, V.L.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 0940_GH29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,13330
ポリマ－68,2461
非ポリマー1,88629
水10,521584
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.671, 78.308, 134.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 0940_GH29 / glycoside hydrolase 29 family member


分子量: 68246.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1D5B391*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M sodium thiocyanate, 35% Jeffamine pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5
PH範囲: 7.0, 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.029→47.13 Å / Num. obs: 45691 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 11.63 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 332797
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.029-2.0870.942315233090.8010.3831.0172.198.9
9.07-47.135.90.04235565980.9990.0190.04627.499.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYP

3eyp


解像度: 2.029→46.99 Å / FOM work R set: 0.8483 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 2297 5.04 %
Rwork0.1912 43248 -
obs0.1931 45545 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.91 Å2 / Biso mean: 20.87 Å2 / Biso min: 3.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.029→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4266 0 107 584 4957
Biso mean--40.21 25.6 -
残基数----554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2256347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9941699
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0291-2.07320.34861610.2882578273998
2.0732-2.12140.26191330.254526842817100
2.1214-2.17450.291140.223627072821100
2.1745-2.23320.2431290.23252657278699
2.2332-2.2990.34881600.28572634279499
2.299-2.37320.23491550.192826742829100
2.3732-2.4580.22431480.180826782826100
2.458-2.55640.23581370.177226902827100
2.5564-2.67270.23821350.181726832818100
2.6727-2.81360.23051330.182327312864100
2.8136-2.98990.24381550.173426942849100
2.9899-3.22070.22031430.171426882831100
3.2207-3.54470.18671380.164927502888100
3.5447-4.05740.16261430.154927372880100
4.0574-5.11080.19041650.153627632928100
5.1108-47.00220.20911480.203429003048100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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